La polizia ha iniziato a cercare Brian all’Ugly Tuna, il bar dove era stato visto l’ultima volta. Poiché l’area intorno al South Campus Gateway era un po’ degradata, con un alto tasso di criminalità, il bar aveva installato delle telecamere di sicurezza. Hanno rivisto il filmato, in cui Brain, Florence e Reed potrebbero essere visti salire su una scala mobile verso l’ingresso principale del bar all’1:15 del mattino. Brian è stato visto fuori dal bar all’1:55 circa, quaranta minuti dopo essere entrato, mentre parlava brevemente con due giovani donne e salutava. Scomparve dal mirino della telecamera e andò verso le scale che portano al bar, apparentemente per tornare dentro. Ma la telecamera non l’ha registrato mentre usciva poco dopo la chiusura del bar.
Gli inquirenti hanno capito che era possibile che si fosse cambiato d’abito nel bar o avesse indossato un berretto e, a testa bassa, avesse aggirato la telecamera e nascosto il viso. Gli investigatori pensano che possa essere uscito da un’altra porta dello stabilimento. Tuttavia, quella porta era solo per l’uso di servizio, non utilizzata dal pubblico, tranne che per le emergenze. L’area verso la quale l’uscita portava poi ad un cantiere che gli ufficiali pensavano fosse difficile da attraversare in uno stato normale, per non dire in uno stato di ubriachezza dopo aver lasciato una notte di bevute.
Siccome Columbus ha il maggior numero di telecamere di sicurezza di qualsiasi città dell’Ohio, più di Cleveland, Cincinnati e Toledo messe insieme, gli ufficiali hanno controllato i filmati di altri bar per vedere se queste telecamere potevano spiegare come Brian avesse lasciato il bar. Tuttavia, le immagini delle telecamere di altri tre bar vicini non hanno mostrato alcuna traccia di Brian.
La ricerca ha cominciato a diffondersi dall’Ugly Tuna, con gli agenti, a volte accompagnati da cani poliziotto, che guardavano attentamente la strada, ispezionando i cassonetti e chiedendo ai residenti se lo avessero visto. Manifesti e pagine con l’immagine di Brian sono stati esposti in giro per la città, citando come segno di identità un tatuaggio sul braccio destro superiore dell’icona del singolo Alive della band Pearl Jam, di cui era fan. La polizia ha persino convinto la città a lasciarli entrare nel sistema fognario e a cercare lì. Nessuna informazione utile è stata scoperta. Nell’appartamento di Brian in King Avenue, il suo veicolo era ancora parcheggiato fuori. E all’interno dell’appartamento, non sembrava esserci nulla di strano.
Dopo aver cercato a chilometri di distanza dal bar in ogni direzione, la polizia ha iniziato a considerare altre possibilità che non fossero un incidente o un gioco sporco. Poiché sua madre era morta da poco, si è ipotizzato che fosse andato via temporaneamente per piangere in solitudine. Tuttavia, la sua scomparsa si è rivelata essere permanente. Non sono emerse ragioni ovvie per la sua scomparsa volontaria.
A coloro che avevano visto Brian quella notte, compreso suo padre, è stato chiesto di sottoporsi a test per la verità. Reed e Randy Shaffer hanno superato i loro, come tutti gli altri, mentre Florence ha rifiutato. Le due donne con cui Brian è stato visto parlare per l’ultima volta sono state identificate in seguito. Hanno testimoniato nel 2009 che non è stato chiesto loro di sottoporsi alla macchina della verità.
Waggoner avrebbe chiamato il telefono di Brian ogni sera prima di dormire molto tempo dopo la scomparsa. Di solito lasciava messaggi in segreteria, ma una notte di settembre ha suonato tre volte. “Ho continuato a chiamarlo per ascoltarlo semplicemente perché era uno dei migliori suoni che avessi mai sentito, anche se nessuno rispondeva”, ha scritto sulla sua pagina MySpace. Cingular, il provider wireless di Brian, ha detto che ciò che Waggoner ha sentito può essere dovuto a un errore del computer. Un ping dal telefono è stato rilevato in un ripetitore a Hilliard, 23 km a nord-ovest di Columbus.
La polizia ha ricevuto molti suggerimenti, nessuno dei quali ha portato a grandi scoperte nel caso. Ad un concerto dei Pearl Jam più tardi quell’anno a Cincinnati, il cantante Eddie Vedder prese tempo tra una canzone e l’altra per chiedere consigli sulla scomparsa di Brian, ma nessuno di questi fu utile. Possibili avvistamenti in Michigan, Texas e persino in Svezia sono stati investigati.
Randy Shaffer ha continuato la ricerca di suo figlio per conto suo. Una sensitiva che ha consultato le ha detto che il corpo di Brian era in acqua vicino al molo di un ponte. Lui e il fratello di Brian, Derek, insieme ad altri cittadini che si erano interessati al caso, comprarono dei trampolieri e passarono molto del loro tempo libero lungo le rive del fiume Olentangy, che scorre attraverso Columbus adiacente al campus universitario, cercando invano il corpo vicino ai ponti. Questa possibilità ha anche portato la polizia a considerare brevemente la tanto discussa teoria dell’omicidio da parte del serial killer conosciuto come Smiley Face. Brian Shaffer, secondo questa teoria, sarebbe l’unica vittima dell’assassino il cui corpo non è stato ancora trovato. La polizia di Columbus alla fine ha respinto qualsiasi collegamento con il presunto assassino nel caso di Brian, seguendo la guida della maggior parte delle forze dell’ordine, compresa l’FBI, che hanno indagato su di lui.
Nel settembre 2008, durante una forte tempesta di vento nell’Ohio centrale, Randy Shaffer, che era nel cortile della sua casa di Baltimora, è stato ucciso da un ramo che si è spezzato per la forza del vento e lo ha colpito mortalmente. I vicini hanno trovato il suo corpo la mattina dopo e hanno chiamato la polizia.
Dopo che il suo necrologio è stato messo online, è stata pubblicata una sezione di condoglianze. Una delle firme su di essa recitava “A papà, con amore, Brian”, proveniente dalle Isole Vergini americane. Questo suggerisce che Brian potrebbe aver lasciato Columbus per una nuova vita altrove. Tuttavia, dopo ulteriori indagini, si è scoperto che la nota era stata pubblicata da un computer pubblicamente accessibile nella contea di Franklin e che era solo uno scherzo.