NCBI sta testando un nuovo modo per trovare e recuperare geni vertebrati omologhi. Per trovare gli ortologhi inserisci il simbolo di un gene (per esempio RAG1) o il simbolo di un gene combinato con un gruppo tassonomico (per esempio RAG1 dei primati). Seleziona la voce corrispondente dal menu dei suggerimenti o puoi selezionare l’opzione degli ortologhi (ad esempio Rag1 orthologs) per vedere tutti gli ortologhi. La tua ricerca restituirà un link di risultati all’insieme degli ortologhi forniti dalla risorsa Gene dell’NCBI. Clicca sul link dei risultati per vedere le informazioni per quel gruppo di ortologi (Figura 1).
Figura 1. Ricerca degli ortologhi di Rag1 che mostra il link all’insieme dei geni RAG1 dei vertebrati.
Nella pagina degli ortologhi (Figura 2), puoi selezionare sequenze di trascrizioni o proteine per il download o l’allineamento, usare l’albero della tassonomia per raffinare i tuoi risultati e scendere al livello di specie. Troverai informazioni più dettagliate sui geni con collegamenti a BLAST e GDV, il browser del genoma dell’NCBI. Avrai anche un accesso veloce alla letteratura da PubMed in base alla tua selezione.
Figura 2. L’insieme degli ortologhi di RAG1 per i vertebrati con mandibola con i link al gene, alle sequenze di riferimento, al download della sequenza e all’allineamento. La scheda Literature fornisce citazioni PubMed pertinenti per gli ortologhi selezionati. L’albero della tassonomia ti permette di trovare rapidamente risultati dettagliati per una specie particolare come la scimmia Rhesus.
Se stai cercando un set di geni ortogolosi, prova questo e facci sapere cosa ne pensi. Restate sintonizzati per gli aggiornamenti!