La zona delle cellule T (guaina periarteriolare) e i follicoli delle cellule B contengono discrete popolazioni di macrofagi; tuttavia, non si sa molto su queste popolazioni di macrofagi in termini di origine e durata di vita. Questi macrofagi non sono esclusivi della milza, ma costituiscono invece una parte integrante delle parti linfoidi di tutti gli organi linfoidi secondari.
Nei follicoli delle cellule B, i macrofagi sono importanti per eliminare le cellule B apoptotiche che si verificano durante la reazione del centro germinale nel processo di ipermutazione somatica e di commutazione isotipica. Le cellule B che non possono formare i loro recettori appropriati muoiono per apoptosi e vengono successivamente eliminate dai macrofagi nel centro germinale. Durante le reazioni intense del centro germinale, questo processo è evidente a causa della presenza dei grandi macrofagi nel centro germinale, conosciuti come macrofagi del corpo tingibile. (Sono chiamati così perché i loro ‘corpi tingibili’ rappresentano nuclei apoptotici condensati). Affinché le cellule apoptotiche siano prese dai macrofagi, è importante che la fosfatidilserina sia espressa sulla superficie esterna delle cellule apoptotiche, che è riconosciuta da più recettori. I macrofagi del corpo tangibile esprimono: la tirosina chinasi Mer, il fattore di crescita epidermico 8 del globulo grasso del latte e Tim-4, che supportano l’inglobamento delle cellule apoptotiche nei macrofagi.
I macrofagi sono presenti anche nella zona delle cellule T della polpa bianca, ma il loro ruolo è meno ben compreso. Questa popolazione di macrofagi si trova in tutte le altre zone delle cellule T degli organi linfoidi secondari. È possibile che questi macrofagi discendano dai monociti di pattuglia che sono entrati nella polpa bianca dal sangue. Essendo posizionati accanto alle cellule T, si suggerisce che questi macrofagi abbiano un ruolo nella presentazione dell’antigene o nella rimozione dei linfociti morenti.