Come l’India, il Pakistan ottenne l’indipendenza come dominio all’interno del Commonwealth nell’agosto 1947. Tuttavia, i leader della Lega Musulmana rifiutarono che Lord Mountbatten, l’ultimo viceré britannico dell’India, fosse il primo governatore generale del Pakistan, o capo di stato – in contrasto con il Congresso, che ne fece il capo dell’esecutivo dell’India. Diffidenti delle macchinazioni britanniche e desiderosi di premiare Jinnah – il loro “Grande Leader” (Quaid-e Azam), un titolo che gli era stato dato prima dell’indipendenza – i pakistani lo fecero loro governatore generale; il suo luogotenente nel partito, Liaquat Ali Khan, fu nominato primo ministro. Il primo governo del Pakistan, tuttavia, aveva un compito difficile davanti a sé. A differenza della precedente visione di Muhammad Iqbal per il Pakistan, il paese era stato formato dalle due regioni in cui i musulmani erano la maggioranza – la porzione nord-occidentale che aveva sposato e i territori e la regione orientale della provincia del Bengala (che a sua volta era stata divisa tra India e Pakistan). Le due ali del Pakistan, quindi, erano separate da circa 1.000 miglia (1.600 km) di territorio indiano sovrano, senza semplici vie di comunicazione tra loro. A complicare ulteriormente il lavoro del nuovo governo pakistano era la consapevolezza che la ricchezza e le risorse dell’India britannica erano state concesse all’India. Il Pakistan aveva poco, se non il crudo entusiasmo che lo sosteneva, specialmente durante i mesi immediatamente successivi alla partizione. Infatti, la sopravvivenza del Pakistan sembrava essere in bilico. Di tutte le province ben organizzate dell’India britannica, solo le aree relativamente arretrate del Sind, del Balochistan e della Provincia della Frontiera Nord-Occidentale arrivarono al Pakistan intatte. Le province altrimenti più sviluppate del Punjab e del Bengala furono divise e, nel caso del Bengala, il Pakistan ricevette poco più che l’entroterra rurale densamente popolato.
Ad aggravare il dilemma del nuovo e inesperto governo pakistano fu la crisi del Kashmir, che provocò una guerra tra i due stati confinanti nel periodo immediatamente successivo alla loro indipendenza. Sia il Pakistan che l’India intendevano fare del Kashmir una componente delle loro rispettive unioni, e l’ex stato principesco divenne rapidamente un territorio conteso – con l’India e il Pakistan che ne controllavano porzioni – e un punto di fuoco per futuri conflitti. Economicamente, la situazione in Pakistan era disperata; i materiali delle fabbriche indiane furono tagliati fuori dal Pakistan, sconvolgendo la magra industria, il commercio e l’agricoltura del nuovo paese. Inoltre, il carattere della partizione e le sue conseguenze avevano causato la fuga di milioni di rifugiati da entrambi i lati della divisione, accompagnata da terribili massacri. L’esodo di un così grande numero di disperati in ogni direzione richiedeva una risposta urgente, che nessuno dei due paesi era preparato a gestire, meno di tutti il Pakistan.
Come conseguenza della guerra irrisolta in Kashmir e il salasso comunitario nelle strade di entrambi i paesi, l’India e il Pakistan arrivarono a vedere l’altro come il loro nemico mortale. I pakistani avevano previsto una divisione delle risorse materiali, finanziarie e militari dell’India. In realtà, non ce ne sarebbe stata nessuna. New Delhi non ha mostrato alcuna intenzione di dividere i beni dell’India britannica con il suo principale avversario, stabilendo così un equilibrio tra i due paesi. Inoltre, la superiore posizione geopolitica dell’India e, soprattutto, il suo controllo dei fiumi vitali che sfociavano in Pakistan, significava che l’approvvigionamento idrico del paese musulmano era alla mercé del suo vicino più grande e ostile. La condizione del Pakistan era così precaria dopo l’indipendenza che molti osservatori credevano che il paese potesse a malapena sopravvivere sei mesi e che l’obiettivo indiano di un subcontinente unificato rimanesse una possibilità distinta.