I primi anni
Pederson è nato a Bellingham, Washington, nel 1968. Ha frequentato la Ferndale High School nella vicina Ferndale, Washington, ed è stato una selezione All-State nel football, basket e baseball. Dopo il liceo si è laureato alla Northeast Louisiana University, dove è stato quarterback dal 1987 al 1990. Detiene ancora diversi record di passaggio nella scuola.
Professionista
Miami Dolphins
Pederson originariamente firmò come rookie free agent dai Miami Dolphins il 1 maggio 1991, dalla Northeast Louisiana University (ora University of Louisiana at Monroe) a Monroe, Louisiana. Fu ceduto il 17 agosto 1991, prima dell’inizio della stagione regolare. Dopo aver trascorso la stagione 1991 come free agent, i New York/New Jersey Knights della World League of American Football (WLAF) lo draftarono al quinto turno per il primo pool di giocatori idonei al draft il 4 febbraio 1992. Il secondo pool, da cui fu draftato il 20 febbraio, consisteva in giocatori assegnati dalle squadre della NFL alla lega. Fu il quarterback di riserva di Reggie Slack con i Knights da marzo a maggio 1992.
Dopo la fine della stagione della WLAF, fu rifirmato dai Dolphins il 2 giugno 1992. Pederson trascorse il training camp del 1992 con i Dolphins, prima di essere nuovamente rilasciato durante i tagli finali del roster. Successivamente fu rifirmato per la practice squad della squadra, dove si esercitò nella squadra di scout fino a quando non fu rinunciato l’8 ottobre 1992. Fu rifirmato dai Dolphins dopo la stagione il 3 marzo 1993. Dopo il suo terzo training camp con i Dolphins, fu nuovamente ceduto il 31 agosto 1993. Per la seconda stagione consecutiva, Pederson fu rifirmato nella practice squad della squadra, il 1º settembre 1993. Dan Marino, il quarterback titolare dei Dolphins dal 1983, si ruppe il tendine d’Achille in una partita della settimana 6 contro i Cleveland Browns il 10 ottobre 1993, costringendo la riserva Scott Mitchell a sostituirlo. Pederson sostituì Marino nel roster attivo, e servì come riserva di Mitchell per le successive quattro partite. Pederson fece il suo debutto nella NFL il 24 ottobre 1993, in una partita della settimana 8 contro gli Indianapolis Colts. Aiutò il capo allenatore Don Shula a vincere il suo record NFL di 325 vittorie come allenatore quando Mitchell subì una spalla separata nella partita della settimana 11 contro i Philadelphia Eagles il 14 novembre 1993. In quella partita da record per l’allenatore Shula, Pederson entrò nel terzo quarto della partita e fece 3 su 6 per 34 yard, e completò diversi terzi down cruciali. Pederson fu in grado di guidare i Dolphins alla vittoria. Pederson servì anche come backup al recentemente acquisito Steve DeBerg per le tre partite che Mitchell perse per infortunio. Entrò brevemente in una partita della settimana 14 contro i New York Giants mentre DeBerg stava ricevendo dei punti sul viso. Mitchell tornò come titolare dei Dolphins dopo la settimana 15, e Pederson fu rilasciato in favore del backup DeBerg e del quarterback di terza linea Hugh Millen il 16 dicembre 1993.Pederson rifirmò con i Dolphins il 16 aprile 1994, dopo la fine della stagione. Trascorse l’intera stagione 1994 nel roster attivo dei Dolphins come terzo quarterback dietro Marino e Bernie Kosar. Il 15 febbraio 1995, Pederson fu selezionato dai Carolina Panthers nel ventiduesimo giro dell’NFL Expansion Draft, dopo essere stato inserito nella lista dei giocatori disponibili dei Dolphins il 19 gennaio, ma fu rilasciato il 24 maggio 1995. Tornò nella World League dopo il suo rilascio, giocando con il Rhein Fire. Pederson firmò nuovamente con i Dolphins nel giugno 1995. Dopo aver gareggiato con Dan McGwire per tutto il training camp, Pederson fu esonerato il 22 agosto 1995. Marino subì un infortunio al ginocchio durante una partita della settimana 6, così Pederson fu rifirmato il 10 ottobre per servire come terzo quarterback dietro Kosar e McGwire per le successive due partite. Fu rilasciato nuovamente dopo che Marino tornò per la settimana 9 il 24 ottobre.
Primo stint con i Packers
Pederson si allenò per i Green Bay Packers dopo la settimana 10 del 1995, a causa di un infortunio a fine stagione subito dal backup Ty Detmer e un infortunio minore subito dal titolare Brett Favre. Il quarterback di riserva T. J. Rubley fu costretto a giocare nella settimana 10 e lanciò un intercetto a fine partita dopo aver chiamato un audible, andando contro il playcall del capo allenatore Mike Holmgren. I Packers firmarono Bob Gagliano per servire come quarterback di terza linea per le settimane 11 e 12. Pederson sostituì Gagliano come terzo quarterback titolare quando firmò con i Packers il 22 novembre 1995. I Packers rivendicarono Jim McMahon dal waivers dei Browns per servire come riserva di Favre davanti a Pederson e Rubley il 29 novembre 1995. Rubley fu cancellato il 13 dicembre, lasciando McMahon e Pederson come riserve di Favre. Favre non perse nessuna partita, quindi Pederson non vide nessuna azione di gioco per i Packers nel 1995. Pederson servì come terzo quarterback dietro Favre e McMahon nel 1996, giocando in una partita ma non registrò statistiche. Ricevette un anello del Super Bowl dopo la vittoria dei Packers sui Patriots nel Super Bowl XXXI. Firmò nuovamente con i Packers con un contratto biennale il 20 febbraio 1997. Pederson fu di nuovo il terzo quarterback per tutto il 1997, facendo da spalla a Favre e Steve Bono. Pederson batté Rick Mirer per il posto di riserva di Favre, così come per il posto di placekick holder primario, nel 1998. In una perdita della settimana 5 contro i Minnesota Vikings, Pederson sostituì Favre negli ultimi cinque minuti di un blowout, e lanciò due touchdown al suo posto. Tuttavia, Pederson subì una mascella rotta che lo mise fuori gioco per le successive quattro partite della squadra.
Philadelphia Eagles
Pederson firmò un contratto triennale da 4,5 milioni di dollari con i Philadelphia Eagles il 18 febbraio 1999, per diventare il quarterback titolare della squadra sotto il nuovo capo allenatore Andy Reid, che fu il quarterback coach di Pederson a Green Bay dal 1997 al 1998. Gli Eagles draftarono Donovan McNabb con la seconda scelta assoluta nel Draft NFL 1999 nell’aprile 1999, e Reid disse che Pederson sarebbe rimasto il titolare finché McNabb non fosse stato pronto a giocare. Nelle sue nove partenze per gli Eagles, Pederson ebbe un record di 2-7, una percentuale di completamento del 51,6%, 1.168 yard passate, sei touchdown e nove intercetti. Nella sua prima partenza in carriera, una partita della settimana 1 contro gli Arizona Cardinals, Pederson ha lanciato due touchdown nel primo trimestre per aiutare a dare agli Eagles un vantaggio di 21-0. I Cardinals tornarono, tuttavia, e vinsero la partita su un field goal a tempo scaduto, 25-24. Pederson andò 12-per-25 per 91 yard e due touchdown nella partita. McNabb ha sostituito Pederson, che ha subito una contusione alla spalla di lancio, dopo una metà in una settimana 2 perdita a Tampa Bay Buccaneers, in cui Pederson è andato 12-of-19 per 100 yard e un intercetto. Pederson ha iniziato una settimana 3 perdita shutout (26-0) ai Buffalo Bills, andando 14-of-26 per 137 yard e due fumble persi, prima di essere sostituito da McNabb di nuovo nel quarto trimestre. Nella sconfitta della settimana 4 contro i New York Giants, Pederson andò 6 su 15 per 75 yard e due intercetti prima di essere sostituito da McNabb dopo l’intervallo. La prima vittoria di Pederson nella NFL arrivò nella settimana 5 in una partita contro i Dallas Cowboys. Giocò l’intera partita, andando 11 su 29 per 145 yard, un touchdown e un intercetto. Pederson giocò la totalità delle tre partite successive, registrando un record di 1-2 mentre lanciava tre touchdown e tre intercetti. Nella sua ultima partenza come un Eagle, Pederson fu messo in panchina a metà di una partita della settimana 9 contro i Carolina Panthers dopo essere andato 3-of-9 per 28 yard ed essere sotto 23-0. Non vide più l’azione di gioco come quarterback fino alla partita della settimana 14 contro i Cowboys in cui McNabb subì un infortunio nel quarto quarto. Pederson andò 8 su 12 per 108 yard e un touchdown nella sconfitta, e Koy Detmer ricevette l’inizio davanti a lui nella settimana 15 con McNabb ancora infortunato. Dopo aver trascorso il training camp della stagione successiva con la squadra, gli Eagles rilasciarono Pederson il 28 agosto 2000.
Cleveland Browns
Pederson considerò il ritiro dopo essere stato rilasciato dagli Eagles, ma invece firmò un contratto biennale con i Cleveland Browns il 2 settembre 2000. La riserva dei Browns, Ty Detmer, subì un infortunio a fine stagione, e i Browns avevano bisogno di un quarterback di riserva al titolare Tim Couch. Questa fu la seconda volta nella carriera di Pederson che fu firmato per sostituire un Ty Detmer infortunato. Pederson iniziò come terzo quarterback dietro Couch e Spergon Wynn, fino a quando Couch subì un infortunio a fine stagione nella settimana 7. Pederson iniziò le sei partite successive, registrando un record di 1-5. In una partita della settimana 13 contro i Baltimore Ravens, fu messo fuori gioco con costole contuse e sostituito con Wynn. Wynn iniziò la settimana successiva contro i Jacksonville Jaguars, ma subì un infortunio a fine stagione e Pederson lo sostituì. Pederson tornò per le ultime due partite della stagione, perdendo entrambi, tra cui una perdita 35-24 contro la sua ex squadra, gli Eagles, e una perdita 24-0 shutout contro i Tennessee Titans. Pederson fu rilasciato dopo la stagione il 22 febbraio 2001.
Green Bay Packers (secondo stint)
I Packers rifirmarono Pederson con un contratto di un anno il 13 marzo 2001, per sostituire il backup Matt Hasselbeck, che fu scambiato con i Seattle Seahawks. Pederson fu la riserva primaria di Favre per tutta la stagione 2001, e fu il titolare del placekick primario in ogni partita. Fu rifirmato con un contratto di un anno e 650.000 dollari con i Packers il 2 aprile 2002. Pederson fu di nuovo il quarterback di riserva e titolare primario in tutte le 16 partite del 2002. In una partita della settimana 7 contro i Washington Redskins, Favre subì una distorsione al ginocchio e Pederson prese la maggior parte degli snap nel secondo tempo, andando 9 su 15 per 78 yard per aiutare a vincere la partita 30-9. Pederson giocò anche nelle partite contro i Miami Dolphins, i Detroit Lions e i New York Jets. Firmò nuovamente con i Packers un contratto di un anno e 750.000 dollari il 29 aprile 2003. Per la terza stagione consecutiva, Pederson sostenne Favre in tutte le 16 partite e tenne i placekick. Completò entrambi i suoi passaggi durante la stagione regolare per un totale di 16 yard. I Packers rifirmarono Pederson con un contratto di un anno il 28 aprile 2004. Tim Couch fu firmato per competere per il posto di quarterback di riserva, ma perse contro Pederson e fu rilasciato il 5 settembre 2004. In una partita della settimana 3 contro gli Indianapolis Colts, Pederson sostituì Favre in una perdita blowout e andò 4 su 6 per 34 yard e un intercetto. La settimana successiva, una partita della settimana 4 contro i New York Giants, Favre subì una commozione cerebrale nel terzo quarto e Pederson lo sostituì come quarterback. Pederson andò 7-of-17 per 86 yard e un intercetto nella sconfitta prima di subire un colpo al fianco nel terzo quarto che gli causò un osso incrinato nella schiena, un muscolo strappato nel fianco e una costola rotta. Rimase in gioco fino all’ultimo snap, quando fu sostituito dal terzo quarterback Craig Nall. Pederson fu messo in riserva per infortunio il 7 ottobre, ponendo fine alla sua stagione. Si ritirò nel marzo 2005 per diventare capo allenatore alla Calvary Baptist Academy.