A Délkelet-Ázsiában fekvő, 329 750 km2 területű Malajzia két nem összefüggő területből áll: A félszigeti Malajzia (korábban Nyugat-Malajzia) az ázsiai szárazföldön, valamint Sarawak és Sabah államok, amelyeket együttesen Kelet-Malajziának neveznek, Borneó szigetén. Összehasonlításképpen a Malajzia által elfoglalt terület valamivel nagyobb, mint Új-Mexikó állam. Az ázsiai szárazföldből dél felé kiemelkedő Malajzia-félsziget területe 131 587 km², amely 748 km hosszan húzódik délkelet-északnyugat és 322 km hosszan kelet-nyugatnyugati irányban. Északon Thaiföld, keleten a Dél-kínai-tenger, délen a Johore-szoros, nyugaton pedig a Malakkai-szoros és az Andamán-tenger határolja, a határok teljes hossza 2068 km. A Borneó északnyugati partvidékén fekvő, 124 449 km2 területű Sarawak 679 km (422 mi) hosszan húzódik ÉNY-DNY és 254 km (158 mi) KEL-Ny-DNY irányban. Északon Brunei, északkeleten Sabah, keleten és délen Indonézia, nyugaton pedig a Dél-kínai-tenger határolja. Sarawak teljes határhossza 2621 km (1629 mi). A Borneó északi végén fekvő Sabah területe 74 398 négyzetkilométer, hossza 412 km (256 mi) kelet-nyugati irányban, szélessége 328 km (204 mi) észak-déli irányban. Északon a Balabac-szoros, északkeleten a Sulu-tenger, délkeleten a Celebes-tenger, délen Indonézia, délnyugaton Sarawak, nyugaton pedig a Dél-kínai-tenger, a határainak teljes hossza 2 008 km (1 248 mi). Malajzia teljes határhossza 7 344 km (4 563 mi), amelyből 4 675 km (2 905 mi) a partvonal.
Malajzia a Dél-kínai-tengeren található Spratly-szigetcsoport több atolljára is igényt tart. Az igényt, egy olyan térségben, ahol olajat gyanítanak, Kína, a Fülöp-szigetek, Tajvan és Vietnam vitatja. Malajzia fővárosa, Kuala Lumpur a Maláj-félsziget nyugati részén található.