A T-sejtes zóna (periarterioláris hüvely) és a B-sejtes tüszők diszkrét makrofágpopulációkat tartalmaznak; ezekről a makrofágpopulációkról azonban nem sokat tudunk eredetük és élettartamuk tekintetében. Ezek a makrofágok nem kizárólag a lépre jellemzőek, hanem valamennyi másodlagos nyirokszerv limfoid részének szerves részét képezik.
A B-sejt-tüszőkben a makrofágok fontos szerepet játszanak a szomatikus hipermutáció és izotípusváltás során a csíraközponti reakció során keletkező apoptotikus B-sejtek tisztításában. Azok a B-sejtek, amelyek nem képesek megfelelő receptorokat képezni, apoptózisban elpusztulnak, és ezt követően a csíraközpontban lévő makrofágok tisztítják meg őket. Az intenzív csíraközponti reakciók során ez a folyamat nyilvánvaló a csíraközpontban lévő nagy makrofágok, az úgynevezett tingible body makrofágok jelenléte miatt. (Azért nevezték el őket így, mert “tingible body”-juk kondenzált apoptotikus sejtmagokat képvisel). Ahhoz, hogy az apoptotikus sejteket a makrofágok felvegyék, fontos, hogy az apoptotikus sejtek külső felszínén foszfatidil-szerin expresszálódjon, amelyet több receptor is felismer. A tapintható test makrofágjai expresszálják: a tirozinkináz Mer-t, a tejzsírgombóc epidermális növekedési faktor 8-at és a Tim-4-et, amelyek mind támogatják az apoptotikus sejtek bekebelezését a makrofágokba.
A fehér pulpa T-sejtes területén is jelen vannak makrofágok, de szerepük kevésbé ismert. A makrofágoknak ez a populációja a másodlagos nyirokszervek összes többi T-sejtes zónájában megtalálható. Lehetséges, hogy ezek a makrofágok a vérből a fehér pulpába jutott járőröző monociták leszármazottai. Mivel a T-sejtek mellett helyezkednek el, feltételezhető, hogy ezek a makrofágok szerepet játszanak az antigénprezentációban vagy a haldokló limfociták eltávolításában.