Korai évek
Pederson 1968-ban született a washingtoni Bellinghamben. A közeli Ferndale középiskolába járt a közeli Ferndale-ben, Washingtonban, és az állam válogatottja volt futballban, kosárlabdában és baseballban. A középiskola után a Northeast Louisiana University-n végzett, ahol 1987 és 1990 között irányító volt. A mai napig több passzolási rekordot tart az iskolában.
Profi
Miami Dolphins
Pederson eredetileg újonc szabadügynökként szerződött a Miami Dolphinshoz 1991. május 1-jén, a louisianai Monroe-ban található Northeast Louisiana Egyetemről (ma University of Louisiana at Monroe). Az alapszakasz kezdete előtt, 1991. augusztus 17-én lemondtak róla. Miután az 1991-es szezont szabadügynökként töltötte, a World League of American Football (WLAF) New York/New Jersey Knights 1992. február 4-én az ötödik körben draftolta a draftképes játékosok első csoportjába. A második pool, amelyből február 20-án draftoltak, az NFL-csapatok által a ligának kiutalt játékosokból állt. A Knightsnál 1992 márciusától májusáig Reggie Slack tartalék irányítója volt.
A WLAF-szezon befejezése után, 1992. június 2-án a Dolphins újra szerződtette. Pederson az 1992-es edzőtábort a Dolphinsnál töltötte, mielőtt a végső játékoskeret csökkentések során ismét elengedték. Ezt követően újra leigazolták a csapat edzőcsapatába, ahol a scout csapatban edzett, amíg 1992. október 8-án le nem mondtak róla. A szezon után, 1993. március 3-án a Dolphins újra szerződtette. A Dolphins-szal töltött harmadik edzőtábora után, 1993. augusztus 31-én ismét lemondtak róla. A második egymást követő szezonban, 1993. szeptember 1-jén Pederson újra aláírt a csapat edzőtáborába. Dan Marino, a Dolphins kezdő irányítója 1983 óta, elszakadt az Achilles-ínja a Cleveland Browns elleni 6. heti mérkőzésen, 1993. október 10-én, így a tartalék Scott Mitchell volt kénytelen helyettesíteni őt. Pederson helyettesítette Marinót az aktív listán, és a következő négy mérkőzésen Mitchell tartalékjaként szolgált. Pederson 1993. október 24-én debütált az NFL-ben az Indianapolis Colts elleni 8. heti mérkőzésen. Segített Don Shula vezetőedzőnek, hogy megszerezze edzőként NFL-rekordot jelentő 325. győzelmét, amikor Mitchell 1993. november 14-én, a Philadelphia Eagles elleni 11. heti mérkőzésen válltörést szenvedett. Shula edző rekordot jelentő meccsén Pederson a 3. negyedben lépett pályára, és 3/6-ból 34 yardot teljesített, valamint több döntő fontosságú 3. downt is befejezett. Pederson győzelemre tudta vezetni a Dolphinst. Pederson a nemrég megszerzett Steve DeBerg hátvédjeként is szolgált arra a három mérkőzésre, amelyet Mitchell sérülés miatt kihagyott. A 14. héten a New York Giants elleni mérkőzésen rövid ideig pályára lépett, amíg DeBerg az arcán öltéseket kapott. Mitchell a 15. hét után visszatért a Dolphins kezdőjátékosaként, és Pedersont 1993. december 16-án elengedték a tartalék DeBerg és a harmadik számú irányító, Hugh Millen javára. 1994. április 16-án, a szezon végeztével Pederson újra aláírt a Dolphinshoz. Az egész 1994-es szezont a Dolphins aktív játékoskeretében töltötte, mint harmadik számú irányító Marino és Bernie Kosar mögött. 1995. február 15-én Pedersont a Carolina Panthers választotta ki az NFL Expansion Draft huszonkettedik körében, miután január 19-én felkerült a Dolphins elérhető játékosok listájára, de 1995. május 24-én elengedték. Kiengedése után visszatért a Világligába, ahol a Rhein Fire csapatában játszott. Pederson 1995 júniusában ismét aláírt a Dolphinshoz. Miután az edzőtáborban Dan McGwire-rel versenyzett, Pedersont 1995. augusztus 22-én leigazolták. Marino a 6. heti mérkőzésen térdsérülést szenvedett, így Pederson október 10-én újra aláírt, hogy a következő két mérkőzésen Kosar és McGwire mögött harmadik irányítóként szolgáljon. Miután Marino október 24-én visszatért a 9. hétre, ismét elengedték.
Először a Packersnél
Pederson 1995-ben a 10. hét után a Green Bay Packersnél edzett, mivel a tartalék Ty Detmer szezon végi sérülést szenvedett, és a kezdő Brett Favre kisebb sérülést szenvedett. A harmadik számú irányító, T. J. Rubley kénytelen volt játszani a 10. héten, és egy meccset eldöntő interceptiont dobott, miután egy audible-t hívott, Mike Holmgren vezetőedző playcallja ellenében. A Packers leszerződtette Bob Gaglianót, aki a 11. és 12. hétre a harmadik számú irányító szerepét tölti be. Pederson váltotta Gaglianót harmadik számú irányítóként, amikor 1995. november 22-én aláírt a Packershez. A Packers 1995. november 29-én Jim McMahont kérte ki a Browns-tól, hogy ő legyen Favre tartalékja Pederson és Rubley előtt. Rubley-t december 13-án lemondták, így McMahon és Pederson maradt Favre hátvédje. Favre nem hagyott ki egyetlen mérkőzést sem, így Pederson 1995-ben nem lépett pályára a Packersben. Pederson 1996-ban Favre és McMahon mögött a harmadik irányítóként szolgált, egy mérkőzésen játszott, de statisztikát nem készített. Super Bowl-gyűrűt kapott, miután a Packers legyőzte a Patriotsot a Super Bowl XXXI-ben. 1997. február 20-án kétéves szerződéssel újra aláírt a Packershez. Pederson 1997-ben ismét a harmadik irányító volt egész évben, Favre és Steve Bono hátvédjeként. Pederson legyőzte Rick Mirert, aki 1998-ban Favre hátvédi posztját, valamint az elsődleges placekick holder posztot kapta meg. A Minnesota Vikings elleni 5. heti vereség alkalmával Pederson egy kiütéses meccs utolsó öt percében váltotta Favre-t, és két touchdownt dobott helyette. Pederson azonban állkapocstörést szenvedett, ami miatt a csapat következő négy mérkőzésén nem léphetett pályára.
Philadelphia Eagles
Pederson 1999. február 18-án hároméves, 4,5 millió dolláros szerződést írt alá a Philadelphia Eaglesszel, hogy a csapat kezdő irányítója legyen az új vezetőedző, Andy Reid alatt, aki 1997 és 1998 között Pederson irányítóedzője volt Green Bayben. Az Eagles 1999 áprilisában az 1999-es NFL Draft második helyén Donovan McNabbet választotta, és Reid azt mondta, hogy Pederson marad a kezdőjátékos, amíg McNabb készen nem áll a játékra. Az Eagles színeiben kilenc mérkőzésen Pederson 2-7-es mérleggel, 51,6%-os befejezési aránnyal, 1168 passzolt yarddal, hat touchdownnal és kilenc interceptionnel zárt. Karrierje első pályára lépésekor, az Arizona Cardinals elleni 1. heti mérkőzésen Pederson az első negyedben két touchdownt dobott, amivel 21-0-ra vezetett az Eagles. A Cardinals azonban visszajött, és az idő lejártával egy mezőnygóllal 25-24-re megnyerte a mérkőzést. Pederson 12-ről 25-re 91 yardot és két touchdownt ért el a mérkőzésen. McNabb egy félidő után váltotta Pedersont, aki zúzódást szenvedett a dobóvállában a Tampa Bay Buccaneers elleni 2. heti vereségen, amelyen Pederson 12-ből 19-et dobott 100 yardra és egy interceptiont. Pederson kezdett a 3. héten a Buffalo Bills elleni shutout vereségen (26-0), ahol 14-ből 26-ot teljesített 137 yardért és két eladott labdát szerzett, majd a negyedik negyedben ismét McNabb váltotta le. A 4. héten a New York Giants elleni vereségben Pederson 6 a 15-ből 75 yardra és két interceptionre ment, mielőtt félidő után lecserélte McNabb. Pederson első NFL-győzelmét az 5. héten aratta a Dallas Cowboys elleni mérkőzésen. Végigjátszotta a meccset, 11-szer 29-ből 145 yardot, egy touchdownt és egy interceptiont szerzett. Pederson a következő három mérkőzésen végig játszott, 1-2-es mérleggel, miközben három touchdownt és három interceptiont dobott. Utolsó Eagle-kezdésén Pederson a 9. heti, Carolina Panthers elleni mérkőzés félidejében kispadra került, miután 3 a 9-ből 28 yardot dobott, és 23-0-s hátrányban volt. A 14. heti, Cowboys elleni meccsig, amelyen McNabb a negyedik negyedben sérülést szenvedett, nem látott újra játéklehetőséget irányítóként. Pederson 8-ból 12-hez 108 yardot és egy touchdownt ért el a vereségben, majd a 15. héten Koy Detmer kezdett előtte, mivel McNabb még mindig sérült volt. Miután a következő szezon edzőtáborát a csapattal töltötte, az Eagles 2000. augusztus 28-án elengedte Pedersont.
Cleveland Browns
Pederson a visszavonulást fontolgatta, miután az Eagles elengedte, de ehelyett 2000. szeptember 2-án kétéves szerződést írt alá a Cleveland Brownsnál. A Browns tartalék irányítója, Ty Detmer szezon végi sérülést szenvedett, és a Brownsnak szüksége volt egy tartalék irányítóra a kezdő Tim Couch mellé. Ez volt a második alkalom Pederson pályafutása során, hogy a sérült Ty Detmer helyettesítésére szerződtették. Pederson harmadik irányítóként kezdett Couch és Spergon Wynn mögött, amíg Couch a 7. héten szezon végi sérülést nem szenvedett. Pederson a következő hat mérkőzésen kezdett, 1-5-ös mérleggel. A Baltimore Ravens elleni 13. heti mérkőzésen bordazúzódással kiesett a játékból, és Wynn helyettesítette. Wynn a következő héten a Jacksonville Jaguars ellen kezdett, de szezon végi sérülést szenvedett, és Pederson váltotta őt. Pederson a szezon utolsó két mérkőzésére tért vissza, mindkettőt elveszítette, köztük egy 35-24-es vereséget korábbi csapata, az Eagles ellen, és egy 24-0-s kiütéses vereséget a Tennessee Titans ellen. Pedersont a szezon után 2001. február 22-én menesztették.
Green Bay Packers (második állomáshely)
A Packers 2001. március 13-án egyéves szerződést kötött újra Pedersonnal, aki a Seattle Seahawkshoz elcserélt tartalék Matt Hasselbeck helyére érkezett. Pederson volt Favre elsődleges tartalékja a teljes 2001-es szezonban, és minden mérkőzésen ő volt az elsődleges placekick tartó. 2002. április 2-án egyéves, 650 000 dolláros szerződést kötöttek vele a Packersnél. Pederson 2002-ben ismét tartalék irányító és elsődleges pattanótartó volt mind a 16 mérkőzésen. A Washington Redskins elleni 7. heti mérkőzésen Favre térdhúzódást szenvedett, és a második félidőben Pederson kapta a legtöbb labdát, aki 9-ről 15-re 78 yardot dobott, és ezzel hozzájárult a 30-9-es győzelemhez. Pederson játszott még a Miami Dolphins, a Detroit Lions és a New York Jets elleni mérkőzéseken is. 2003. április 29-én egyéves, 750.000 dolláros szerződést kötött újra a Packersszel. Pederson a harmadik egymást követő szezonban mind a 16 mérkőzésen Favre hátvédje volt, és a placekickeket is ő tartotta. Az alapszakasz során mindkét passzát befejezte, összesen 16 yardot szerzett. A Packers 2004. április 28-án egyéves szerződést kötött Pedersonnal. Tim Couchot szerződtették, hogy versenyezzen a tartalék irányítói posztért, de kikapott Pedersontól, és 2004. szeptember 5-én elengedték. Az Indianapolis Colts elleni 3. heti mérkőzésen Pederson helyettesítette Favre-t a vereséggel végződő összecsapáson, és 4-6-ból 4 yardot teljesített 34 yardra és egy interceptionre volt képes. A következő héten, a New York Giants elleni 4. heti mérkőzésen Favre agyrázkódást szenvedett a harmadik negyedben, és Pederson váltotta őt az irányítói poszton. Pederson 7-szer 17-ből 86 yardot és egy interceptiont teljesített a vereségben, mielőtt a harmadik negyedben egy ütést kapott az oldalára, aminek következtében megrepedt egy csont a hátában, elszakadt egy izom az oldalán és eltört egy bordája. Az utolsó dobásig a játékban maradt, amikor is a harmadik számú irányító, Craig Nall váltotta le. Pederson október 7-én sérült tartalékba került, ezzel véget ért a szezonja. 2005 márciusában vonult vissza, hogy a Calvary Baptist Academy vezetőedzője legyen.