Az Indiához hasonlóan Pakisztán is 1947 augusztusában nyerte el függetlenségét a Nemzetközösségen belüli domíniumként. A Muszlim Liga vezetői azonban elutasították, hogy Lord Mountbatten, India utolsó brit alkirálya legyen Pakisztán első főkormányzója, vagyis államfője – ellentétben a Kongresszussal, amely őt tette meg India kormányzójának. A pakisztániak óvakodtak Nagy-Britannia machinációitól, és meg akarták jutalmazni Dzsinnah-t – a “Nagy Vezetőjüket” (Quaid-e Azam), amely címet még a függetlenség előtt kapta -, és őt tették meg főkormányzójuknak; a párton belüli hadnagyát, Liaquat Ali Khant nevezték ki miniszterelnöknek. Pakisztán első kormánya azonban nehéz feladat előtt állt. Muhammad Iqbal korábbi pakisztáni elképzelésétől eltérően az országot abból a két régióból alakították ki, ahol a muszlimok többségben voltak – az általa szorgalmazott északnyugati részből, valamint Bengál tartomány területeiből és keleti régiójából (amely maga is fel volt osztva India és Pakisztán között). Pakisztán két szárnyát tehát mintegy 1600 km (1000 mérföld) szuverén indiai terület választotta el egymástól, és nem volt köztük egyszerű kommunikációs útvonal. Az új pakisztáni kormány munkáját tovább nehezítette az a felismerés, hogy Brit India gazdagsága és erőforrásai Indiának jutottak. Pakisztánnak a nyers lelkesedésen kívül nem sok minden állt rendelkezésére, különösen a felosztást közvetlenül követő hónapokban. Valójában úgy tűnt, hogy Pakisztán túlélése a tét. Brit India jól szervezett tartományai közül csak a viszonylag elmaradott Szind, Beludzsisztán és az Északnyugati Határprovincia került épségben Pakisztánhoz. Az egyébként fejlettebb Pandzsáb és Bengál tartományokat felosztották, és Bengál esetében Pakisztán alig kapott többet, mint a sűrűn lakott vidéki hátországot.
Az új és kipróbálatlan pakisztáni kormány dilemmáját tetézte a kasmíri válság, amely a két szomszédos állam között a függetlenséget közvetlenül követő időszakban háborút provokált. Pakisztán és India egyaránt azt tervezte, hogy Kasmírt saját uniójának részévé teszi, és az egykori fejedelmi állam hamarosan vitatott területté vált – India és Pakisztán is ellenőrizte egyes részeit -, és a jövőbeli konfliktusok gyújtópontjává. Gazdasági szempontból a pakisztáni helyzet kétségbeejtő volt; az indiai gyárakból származó anyagokat elvágták Pakisztántól, ami megzavarta az új ország szűkös iparát, kereskedelmét és mezőgazdaságát. Ráadásul a felosztás jellege és következményei menekültek millióinak menekülését okozták a választóvonal mindkét oldalán, amit szörnyű mészárlások kísértek. Az ilyen nagyszámú kétségbeesett ember mindkét irányba történő elvándorlása sürgős választ igényelt, amire egyik ország sem volt felkészülve, legkevésbé Pakisztán.
A kasmíri háború megoldatlansága és a mindkét ország utcáin zajló közösségi vérontás következtében India és Pakisztán egyaránt halálos ellenségének tekintette a másikat. A pakisztániak India anyagi, pénzügyi és katonai eszközeinek megosztásával számoltak. Valójában erre nem került sor. Újdelhi nem mutatott szándékot arra, hogy a brit India vagyonát felossza fő ellenfelével, és ezáltal egyensúlyt teremtsen a két ország között. Ráadásul India fölényes geopolitikai helyzete, és ami a legfontosabb, a Pakisztánba ömlő létfontosságú folyók feletti ellenőrzése azt jelentette, hogy a muszlim ország vízellátása ki volt szolgáltatva a nagyobb, ellenséges szomszédjának. Pakisztán helyzete a függetlenséget követően olyannyira bizonytalan volt, hogy sok megfigyelő úgy vélte, az ország aligha élhet túl hat hónapot, és India célja, az egységes szubkontinens megteremtése továbbra is határozott lehetőség maradt.