A Glen Coe-i mészárlás
A forradalom Angliában szinte vérontás nélkül zajlott le, de Skóciában és Írországban fegyveres ellenállásba ütközött. Ez Skóciában 1689-ben összeomlott, de az ország Vilmos uralkodása alatt végig nyugtalan és bizonytalan maradt. 1692-ben a Glen Coe-i Alexander MacDonaldot és néhány klántársát hidegvérrel meggyilkolták, mert késve tettek hűségesküt Vilmosnak. Vilmos vizsgálatot rendelt el, de nem tett további lépéseket, amíg 1695-ben a skót parlament nyilvános vizsgálatot nem követelt. Ekkor vétkes engedékenységet tanúsított az elkövetőkkel szemben, csupán elbocsátotta titkári tisztségéből Sir John Dalrymple-t, akit végül felelőssé tettek a mészárlásért. Írországban a háború hivatalosan 1689-ben tört ki, amikor Jakab francia támogatással partra szállt. De Londonderry és Enniskillen sikeres védelme, valamint Vilmos saját győzelme a Boyne-i csatában 1690. július 1-jén biztosította Írország visszafoglalását, és felszabadította őt, hogy figyelmét az európai kontinens felé fordítsa. Itt a birodalom elleni kisebb támadások sorozata után XIV. Lajos 1688-ban megszállta a Pfalzot. A hollandok és a császár megkötötték a bécsi békét (1689 májusában), és hadat üzentek Lajosnak; a következő 18 hónap során Vilmos ritka diplomáciai ügyessége a szövetségbe vonta Brandenburgot, Hannovert, Szászországot, Bajorországot, Savoyát és Spanyolországot, valamint Angliát, amely a szövetség forgópontjává vált.
1691-től Vilmos sok időt töltött a kontinensen folytatott, változó sikerű hadjáratokkal, de 1696-ra számos tényező miatt mindkét fél a békére vágyott, és 1697-ben aláírták a rijswijki szerződéseket. Az európai hatalmi egyensúly szempontjából létfontosságú kérdés, hogy ki lesz a gyermektelen II. Károly spanyol király utódja, azonban továbbra is megoldatlan maradt, és Vilmosnak jó oka volt attól tartani, hogy a béke nem lesz több fegyverszünetnél. Az angol parlament ezzel szemben meg volt győződve arról, hogy a béke tartós lesz, ragaszkodott a hadsereg létszámának csökkentéséhez, és határozottan hátat fordított a külügyeknek. Vilmos egy újabb háború elkerülésének reményében két spanyol felosztási szerződést (1698-99) kötött Lajossal – olyan intézkedéseket, amelyek komoly súrlódásokba sodorták őt a parlamenttel. Amikor azonban a spanyol király 1700. november 1-jén meghalt, Lajos, figyelmen kívül hagyva a megállapodásokat, elfogadta unokája számára a spanyol koronát, és hamarosan megmutatta, hogy nem mondott le francia felnagyítási terveiről.
Vilmos, bár az angol apátia akadályozta, nekilátott a Nagy Szövetség újjáépítésének és a két ország felkészítésének az immár elkerülhetetlen konfliktusra. 1701 szeptemberében meghalt a száműzött II. Jakab, és XIV. Lajos – az egyik rijswijki szerződésben kötött megállapodással ellentétben – fiát Anglia királyává kiáltotta ki, és ezzel az angolokat háborús lelkesedésre sarkallta. Vilmos nem érte meg e háború meghirdetését. Egészsége már régóta romlott, és 1702 márciusában meghalt. Az európai rendezésre vonatkozó terveit az utrechti szerződés (1713) nagyrészt megvalósította. Ideálja, amelyet 30 éven át kitartóan követett, egy olyan nemzetközi rend volt, amelyben egyetlen hatalom sem képes zsarnokoskodni a többiek felett.