T-soluvyöhyke (periarteriolaarinen tuppi) ja B-solufollikkelit sisältävät erillisiä makrofagipopulaatioita; näistä makrofagipopulaatioista ei kuitenkaan tiedetä paljoa niiden alkuperän ja eliniän suhteen. Nämä makrofagit eivät ole ainutlaatuisia pernalle, vaan ne muodostavat olennaisen osan kaikkien sekundaaristen imusoluelinten lymfaattisista osista.
B-solufollikkelissa makrofagit ovat tärkeitä puhdistettaessa apoptoottisia B-soluja, joita syntyy itukeskusreaktion aikana somaattisen hypermutaation ja isotyypin vaihtamisen prosessissa. B-solut, jotka eivät pysty muodostamaan sopivia reseptoreita, kuolevat apoptoosiin, ja makrofagit puhdistavat ne myöhemmin itukeskuksessa. Intensiivisten itukeskusreaktioiden aikana tämä prosessi on ilmeinen, koska itukeskuksessa on suuria makrofageja, joita kutsutaan tingible body -makrofageiksi. (Ne on nimetty näin, koska niiden ”tingible bodies” edustavat tiivistyneitä apoptoottisia tumia). Jotta makrofagit voisivat ottaa apoptoottiset solut haltuunsa, on tärkeää, että apoptoottisten solujen ulkopinnalla ilmentyy fosfatidyyliseriiniä, jonka useat reseptorit tunnistavat. Tuntuvissa elimistön makrofageissa ilmentyvät: tyrosiinikinaasi Mer, maitorasvakudoksen epiderminen kasvutekijä 8 ja Tim-4, jotka kaikki tukevat apoptoottisten solujen sulautumista makrofageihin.
Makrofageja on myös valkosolujen T-solualueella, mutta niiden roolia ei tunneta yhtä hyvin. Tätä makrofagipopulaatiota löytyy kaikista muista sekundaaristen imukudoselinten T-soluvyöhykkeistä. On mahdollista, että nämä makrofagit ovat verestä valkopulpaan tulleiden partioivien monosyyttien jälkeläisiä. Koska ne sijoittuvat T-solujen rinnalle, on ehdotettu, että näillä makrofageilla on rooli antigeenin esittämisessä tai kuolevien lymfosyyttien poistamisessa.