Pakistan itsenäistyi Intian tavoin kansainyhteisön hallitsijamaana elokuussa 1947. Muslimiliiton johtajat kuitenkin hylkäsivät lordi Mountbattenin, Intian viimeisen brittiläisen varakuninkaan, nimityksen Pakistanin ensimmäiseksi kenraalikuvernööriksi eli valtionpäämieheksi – toisin kuin kongressi, joka teki hänestä Intian pääministerin. Pakistanilaiset olivat varuillaan Britannian juonittelusta ja halusivat palkita Jinnahin – heidän ”suuren johtajansa” (Quaid-e Azam), jonka arvonimen hän sai ennen itsenäistymistä – ja tekivät hänestä kenraalikuvernöörin; pääministeriksi nimitettiin hänen puoluetoverinsa Liaquat Ali Khan. Pakistanin ensimmäisellä hallituksella oli kuitenkin edessään vaikea tehtävä. Toisin kuin Muhammad Iqbalin aiempi visio Pakistanista, maa oli muodostettu kahdesta alueesta, joilla muslimit olivat enemmistönä – hänen kannattamastaan luoteisosasta sekä Bengalin maakunnan alueista ja itäisestä alueesta (joka itsessään oli myös jaettu Intian ja Pakistanin kesken). Pakistanin kahta siipeä erotti toisistaan noin 1 600 kilometriä (1 000 mailia) Intian suvereenia aluetta, eikä niiden välillä ollut yksinkertaisia yhteysreittejä. Pakistanin uuden hallituksen työtä vaikeutti entisestään se, että Brittiläisen Intian rikkaudet ja resurssit oli myönnetty Intialle. Pakistanilla ei ollut juuri muuta kuin raakaa innostusta ylläpitävänä tekijänä, erityisesti heti jakoa seuranneina kuukausina. Itse asiassa Pakistanin selviytyminen näytti olevan vaakalaudalla. Kaikista Brittiläisen Intian hyvin organisoiduista maakunnista vain Sindin, Balochistanin ja Luoteisrannikon rajaprovinssin verrattain takapajuiset alueet tulivat Pakistaniin ehjinä. Muuten kehittyneemmät Punjabin ja Bengalin maakunnat jaettiin, ja Bengalin tapauksessa Pakistan sai vain tiheään asutun maaseudun sisämaan.
Uuden ja testaamattoman Pakistanin hallituksen dilemmaa lisäsi Kashmirin kriisi, joka provosoi sodan kahden naapurivaltion välille heti itsenäistymisen jälkeisenä aikana. Sekä Pakistan että Intia aikoivat liittää Kashmirin osaksi omia liittojaan, ja entisestä ruhtinaskunnasta tuli nopeasti kiistanalainen alue – Intian ja Pakistanin hallitessa osia siitä – ja tulevien konfliktien polttopiste. Taloudellisesti Pakistanin tilanne oli epätoivoinen; Intian tehtaiden materiaalit katkaistiin Pakistanista, mikä häiritsi uuden maan niukkaa teollisuutta, kauppaa ja maataloutta. Lisäksi jako ja sen jälkiseuraukset olivat aiheuttaneet miljoonien pakolaisten pakenemisen jakolinjan molemmin puolin, mihin liittyi hirvittäviä verilöylyjä. Näin suuren määrän epätoivoisten ihmisten pakeneminen kumpaankin suuntaan vaati kiireellisiä toimia, joita kumpikaan maa ei ollut valmis hoitamaan, kaikkein vähiten Pakistan.
Kashmirin ratkaisemattoman sodan ja molempien maiden kaduilla tapahtuneen yhteisöllisen verenvuodatuksen seurauksena Intia ja Pakistan alkoivat kumpikin nähdä toisensa kuolemanvihollisenaan. Pakistanilaiset olivat ennakoineet Intian aineellisten, taloudellisten ja sotilaallisten voimavarojen jakamista. Tosiasiassa näin ei olisi tapahtunut. New Delhi ei osoittanut aikomustakaan jakaa Brittiläisen Intian omaisuutta suurimman vastustajansa kanssa ja siten luoda tasapaino näiden kahden maan välille. Lisäksi Intian ylivoimainen geopoliittinen asema ja ennen kaikkea sen Pakistaniin virtaavien elintärkeiden jokien hallinta merkitsivät sitä, että muslimimaan vesivarannot olivat sen suuremman, vihamielisen naapurin armoilla. Pakistanin tila oli itsenäistymisen jälkeen niin epävarma, että monet tarkkailijat uskoivat maan tuskin selviytyvän kuudesta kuukaudesta ja että Intian tavoite yhdistyneestä niemimaasta oli edelleen selvä mahdollisuus.