Peli poikkeaa Mario Kart -sarjan perinteisestä pelattavuudesta, jossa tavoitteena on päästä maaliin ensimmäisenä; tässä pelissä käytetään pistepohjaista järjestelmää. Nopeusvaihtoehtoja on neljä: 50cc (eli ”rauhallisesti”), 100cc (”nopeasti”), 150cc (”erittäin nopeasti”) ja 200cc (”liian nopeasti”). Toisin kuin sarjan aiemmissa osissa, suuri osa ajamisesta (erityisesti kiihdyttäminen ja hyppyjen tehostaminen) tapahtuu automaattisesti. Mario Kart Tour sisältää ominaisuuksia aiemmista Mario Kart -peleistä, kuten Mario Kart 7:stä tutut vedenalainen ajo ja riippuliito. Tässä pelissä esitellään uusi Frenzy-tila, jossa kuljettaja saa kolme samanlaista esinettä esinelaatikosta. Jokainen hahmo voi saada ainutlaatuisen esineen (tunnetaan myös nimellä ”Special Skill”) esinekoteloista.
Mario Kart Tour esittelee uuden formaatin nimeltä ”Tours”. Kierrokset on nimetty oikean maailman kaupunkien, Mario-sarjan hahmojen, Mario-sarjan pelien tai muiden teemojen (kuten ruokakulttuurin ja juhlapyhien) mukaan. Jokainen kiertue kestää kaksi viikkoa ja alkaa keskiviikkona klo 6.00 UTC. Kierroksen aikana pelaajat voivat kilpailla kahdestatoista kahdeksaantoista cupista ja kerätä kuljettajia, karttoja ja purjelentokoneita, jotka edustavat vastaavia kaupunkeja tai teemoja. Kiertueen kestäessä kaksi viikkoa on tarjolla myös spotlight-kuljettajia, -karttoja ja -liukulaitteita. Kukin cup koostuu kolmesta radasta ja bonushaasteesta. Edellisten cupien ratoja voi käyttää uudelleen seuraavissa cupeissa. Useimmissa kilpailuissa on kaksi kierrosta, kun taas useimmat bonushaasteet ajetaan yhdellä kierroksella. Cupit on myös nimetty joidenkin pelissä esiintyvien kuljettajien mukaan tavallisten Mario-sarjan kohteiden sijaan.
Kun pelaaja on ajanut kisan loppuun, hän saa Grand Stars -tähtiä, joilla hän voi avata kiertuelahjoja, kolikoita ja kokemuspisteitä käytetylle hahmolle, kartille ja purjelentokoneelle. Jos pelaaja sijoittuu kolmen parhaan joukkoon, hän ansaitsee joitain pelaajapisteitä tasostaan. Jos pelaaja sijoittuu 5. sijalle tai sen alle, hänen tasomittarinsa laskee. Kun pelaaja täyttää mittarin kokonaan, hän nousee tasolleen ja saa palkinnon. Jokaisella kentällä on myös kokemuspisteiden raja. Tällä hetkellä pelaajan maksimitaso on 150.
Pelaaja voi saada joka päivä jopa 450 kokemuspistettä jokaiselle hahmolle, kartille ja purjelentokoneelle sekä 300 kolikkoa kilpa-ajosta (900 kokemuspistettä ja 600 kolikkoa, jos pelaaja on tilannut Gold Passin). Kun nämä rajat on saavutettu, pelaaja ei voi saada lisää kokemuspisteitä hahmoista, kartoista ja purjelentokoneista eikä kerätä lisää kolikoita kilpa-ajosta päivittäin ennen kuin seuraavana aamuna klo 6:00 UTC. Jatkaakseen kokemuspisteiden keräämistä tai kolikoiden keräämistä pelaaja voi pelata Coin Rush -peliä saadakseen lisää kolikoita tai käyttää hahmojen, karttojen ja purjelentokoneiden pistekorotuslippuja.
Kunkin cupin bonushaasteessa pelaajan on tehtävä vaatimus cupin suorittamiseksi. Bonushaasteen kuvassa näkyvä hahmo valitaan aina, vaikka pelaajalla ei olisi niitä vielä. Bonushaasteen suorittaminen palkitsee kolme Grand Stars -tähteä viiden sijasta. Joissakin haasteissa pelaaja voi myös valita minkä tahansa hahmon, kartin ja purjelentokoneen.
Joka viikko järjestetään kiertueen cup-turnaus. 20 pelaajaa sijoitetaan cupin kokonaistuloksen perusteella leaderboardille. Seuraavaan keskiviikkoon mennessä Lakitu ilmoittaa kuinka hyvin pelaaja pärjäsi. Pelaaja nousee tasoa ja ansaitsee palkintoja, jos hänen loppusijoituksensa on lähellä kärkeä, mutta hän menettää yhden tai kaksi tasoa, jos hän sijoittuu huonosti. Pelaaja saa myös palkkion, jos pelaajan ja hänen ystäviensä pisteet saavuttavat tietyn määrän.
Tämä peli sisältää kilpailuja tekoälyn ohjaamia vastustajia vastaan, joiden käyttäjätunnukset on suunniteltu niin, että pelaajat luulevat pelaavansa muita ihmispelaajia vastaan. Lisäksi tämän pelin moninpelitoiminnon betatesti alkoi ”noin kello 23:00 PM PT 18. joulukuuta 2019 ja 21:59 PM PT 26. joulukuuta 2019 välisenä aikana”, ja se oli saatavilla vain Gold Passin tilaajille. Tammikuun 22. päivästä 2020 tammikuun 28. päivään 2020 oli moninpelitesti kaikille pelin pelaajille.
Maaliskuun 8. päivänä 2020 kello 20.00 PT Mario Kart Tourin moninpelitoiminto käynnistettiin virallisesti. Kaikki pelaajat ”voivat ajaa kilpaa jopa seitsemää muuta pelaajaa vastaan, olivatpa he rekisteröityneet pelin sisäisiksi ystäviksi, sijaintisi lähellä tai jopa hajallaan ympäri maailmaa”. Sillä välin ”kultakilpailut ovat yksinomaan Mario Kart Tour Gold Passin tilaajien saatavilla”. Yksi tärkeimmistä eroista Standard Racesin (pelaajille ilman Gold Passia) ja Gold Racesin välillä on nopeusvalikoima: Standard Racesissa on tarjolla vain 100cc, kun taas Gold Racesissa on tarjolla 150cc ja 200cc. Kullakin pelaajalla on moninpelin sijoitus (F:stä A:han, S:stä S+6:een, jos hän on tilannut Gold Passin). Sijoitusprosentti kasvaa, kun pelaaja voittaa moninpelikilpailun, mutta laskee tai pysyy ennallaan häviön aikana.
Peliä pystyi alun perin pelaamaan vain muotokuvatilassa, mutta 21. heinäkuuta 2020 peli sai päivityksen, jonka ansiosta pelaajat pystyivät pelaamaan peliä myös maisematilassa.