Southamptonin kaupungin sinetin kriitikot ovat jättäneet huomiotta toisen merkittävän ristiriidan pyhiinvaeltajan kuvassa: Englantilaiset, jotka valloittivat Southamptonin, olivat pikemminkin puritaaneja kuin pyhiinvaeltajia. Southampton, kuten Southold, East Hampton, Oyster Bay ja Huntington, perustettiin New Havenin siirtokunnan etuvartioasemaksi, jonka perustivat puritaanit John Davenport ja Theophilus Eaton vuonna 1638. Vaikka pyhiinvaeltajia on joskus kuvailtu äärimmäisiksi puritaaneiksi, heidän historiansa Amerikassa osoittaa, että näiden kahden välillä on huomattavia eroja.
Pilgrimit olivat separatisteja, jotka asettuivat ensimmäisen kerran Plymouthiin, Massachusettsissa, vuonna 1620 ja perustivat myöhemmin kauppapaikkoja Kennebec-joelle Mainessa, Cape Codille ja lähelle Windsoria, Connissa. Puritaanit olivat ei-separatisteja, jotka liittyivät vuonna 1630 muuttoliikkeeseen ja perustivat Massachusetts Bayn siirtokunnan. Kymmenen vuoden kuluessa puritaanit asuttivat suurimman osan Massachusettsia, Connecticutia ja Long Islandin alueita.
Pilgrim-separatistit hylkäsivät Englannin kirkon ja sen edustamat katolisuuden jäänteet. Puritaanien ei-separatistit, jotka olivat yhtä kiihkeitä uskonnollisissa vakaumuksissaan, sitoutuivat Englannin kirkon reformaatioon ja varhaiskristillisen yhteiskunnan palauttamiseen.
Kolonisaation käytännölliset näkökohdat ja Englannin ja Amerikan välinen valtava valtameri muuttivat lopulta pyhiinvaeltajien ja puritaanien välisiä eroja Uudessa maailmassa. Vuonna 1691 Plymouth liitettiin Massachusetts Bay Colonyyn.