Glen Coen verilöyly
Vallankumous oli Englannissa toteutunut lähes ilman verenvuodatusta, mutta Skotlannissa ja Irlannissa oli aseellista vastarintaa. Tämä romahti Skotlannissa vuonna 1689, mutta maa pysyi levottomana ja rauhattomana koko Vilhelmin valtakauden ajan. Vuonna 1692 Alexander MacDonald of Glen Coe ja joitakin hänen klaanimiehiään murhattiin kylmäverisesti, koska he olivat myöhästyneet uskollisuudenvalan vannomisesta Vilhelmille. William määräsi tutkimuksen, mutta ei ryhtynyt mihinkään toimiin, kunnes Skotlannin parlamentti vaati vuonna 1695 julkista tutkimusta. Sen jälkeen hän osoitti syyllistävää lempeyttä rikoksentekijöitä kohtaan ja erotti vain sihteeristään Sir John Dalrymplen, joka lopulta asetettiin vastuuseen verilöylystä. Irlannissa syttyi sota virallisesti vuonna 1689, kun Jaakob laskeutui sinne Ranskan tuella. Mutta Londonderryn ja Enniskillenin menestyksekäs puolustaminen ja Williamin oma voitto Boynen taistelussa 1. heinäkuuta 1690 varmistivat Irlannin takaisinvalloituksen ja vapauttivat hänet kääntämään huomionsa Euroopan mantereeseen. Täällä Ludvig XIV oli useiden pienempien hyökkäysten jälkeen hyökännyt Pfalziin vuonna 1688. Hollantilaiset ja keisari solmivat Wienin sopimuksen (toukokuussa 1689) ja julistivat sodan Ludvigille; seuraavien 18 kuukauden aikana Vilhelmin harvinainen diplomaattinen taito toi liittoon Brandenburgin, Hannoverin, Saksin, Baijerin, Savoijin ja Espanjan sekä Englannin, josta tuli liiton tukipilari.
Vuodesta 1691 lähtien Vilhelm vietti paljon aikaa kampanjoimalla mantereella vaihtelevalla menestyksellä, mutta vuoteen 1696 mennessä monet tekijät saivat molemmat osapuolet pyrkimään rauhaan, ja Rijswijkin sopimukset allekirjoitettiin vuonna 1697. Euroopan voimatasapainon kannalta elintärkeä kysymys siitä, kuka olisi Espanjan lapsettoman kuninkaan Kaarle II:n seuraaja, oli kuitenkin edelleen ratkaisematta, ja Vilhelmillä oli syytä pelätä, että rauhasta tulisi pelkkä välirauha. Englannin parlamentti oli päinvastoin vakuuttunut siitä, että rauhasta tulisi kestävä, vaati armeijan supistamista ja käänsi määrätietoisesti selkänsä ulkoasioille. Uuden sodan välttämisen toivossa Vilhelm solmi kaksi Espanjan jakosopimusta (1698-99) Ludvigin kanssa – toimenpiteet, jotka aiheuttivat hänelle vakavia kiistoja parlamentin kanssa. Mutta kun Espanjan kuningas kuoli 1. marraskuuta 1700, Ludvig ei piitannut sopimuksistaan, vaan hyväksyi Espanjan kruunun pojanpojalleen ja osoitti pian, ettei hän ollut luopunut suunnitelmistaan Ranskan kasvattamiseksi.
Vaikka englantilaisten välinpitämättömyys haittasikin Williamia, hän ryhtyi rakentamaan uudelleen Suurta liittoumaa ja valmistelemaan molempia maitaan nyt väistämättömäksi käyvää konfliktia varten. Syyskuussa 1701 maanpaossa elänyt Jaakko II kuoli, ja Ludvig XIV julisti poikansa Englannin kuninkaaksi vastoin eräässä Rijswijkin sopimuksessa tehtyä sopimusta ja herätti näin englantilaiset innostumaan sodasta. Vilhelm ei elänyt nähdäkseen tämän sodan julistamista. Hänen terveytensä oli jo pitkään heikentynyt, ja maaliskuussa 1702 hän kuoli. Hänen suunnitelmansa Euroopan yhdentymisestä toteutettiin suurelta osin Utrechtin sopimuksella (1713). Hänen ihanteensa, jota hän oli ajanut sinnikkäästi 30 vuoden ajan, oli kansainvälinen järjestys, jossa mikään yksittäinen valta ei voisi tyrannisoida muita.