Stejně jako Indie získal Pákistán nezávislost jako dominium v rámci Společenství národů v srpnu 1947. Představitelé Muslimské ligy však odmítli, aby se lord Mountbatten, poslední britský místokrál Indie, stal prvním pákistánským generálním guvernérem neboli hlavou státu – na rozdíl od Kongresu, který z něj učinil hlavu Indie. Pákistánci se obávali britských machinací a toužili odměnit Džinnáha – svého „velkého vůdce“ (Quaid-e Azam), což byl titul, který získal před získáním nezávislosti – a jmenovali ho svým generálním guvernérem; jeho zástupce ve straně, Liaquat Ali Khan, byl jmenován předsedou vlády. První pákistánská vláda však měla před sebou nelehký úkol. Na rozdíl od dřívější vize Muhammada Iqbala o Pákistánu byla země vytvořena ze dvou oblastí, kde muslimové tvořili většinu – severozápadní části, kterou prosazoval, a území a východní oblasti provincie Bengálsko (která sama byla také rozdělena mezi Indii a Pákistán). Obě křídla Pákistánu tedy od sebe dělilo přibližně 1 000 mil (1 600 km) svrchovaného indického území bez jednoduchých komunikačních tras mezi nimi. Práci nové pákistánské vlády dále komplikovalo zjištění, že bohatství a zdroje Britské Indie byly přiděleny Indii. Pákistán neměl k dispozici téměř nic než surové nadšení, které ho udržovalo, zejména v měsících bezprostředně následujících po rozdělení. Ve skutečnosti se zdálo, že přežití Pákistánu visí na vlásku. Ze všech dobře organizovaných provincií britské Indie připadly Pákistánu nedotčené pouze relativně zaostalé oblasti Sind, Balúčistán a Severozápadní pohraniční provincie. Jinak rozvinutější provincie Paňdžáb a Bengálsko byly rozděleny a v případě Bengálska získal Pákistán jen o málo více než hustě osídlené venkovské zázemí.
Dilema nové a nevyzkoušené pákistánské vlády ještě umocnila krize v Kašmíru, která v období bezprostředně po získání nezávislosti vyvolala válku mezi oběma sousedními státy. Pákistán i Indie měly v úmyslu učinit Kašmír součástí svých svazů a bývalý knížecí stát se rychle stal sporným územím – jehož části kontrolovaly Indie i Pákistán – a ohniskem budoucích konfliktů. Z ekonomického hlediska byla situace v Pákistánu zoufalá; materiál z indických továren byl z Pákistánu odříznut, což narušilo skromný průmysl, obchod a zemědělství nové země. Charakter rozdělení a jeho následky navíc způsobily útěk milionů uprchlíků na obou stranách rozdělení, který doprovázely strašlivé masakry. Exodus tak obrovského počtu zoufalých lidí oběma směry vyžadoval naléhavou reakci, kterou nebyla připravena zvládnout ani jedna ze zemí, nejméně pak Pákistán.
V důsledku nevyřešené války v Kašmíru a komunálního krveprolití v ulicích obou zemí začaly Indie i Pákistán vnímat tu druhou jako svého úhlavního nepřítele. Pákistánci očekávali rozdělení indických materiálních, finančních a vojenských aktiv. Ve skutečnosti k žádnému nedošlo. Nové Dillí neprojevilo žádný záměr rozdělit aktiva britské Indie se svým hlavním protivníkem, a nastolit tak rovnováhu mezi oběma zeměmi. Navíc nadřazené geopolitické postavení Indie a především její kontrola nad životně důležitými řekami, které tekly do Pákistánu, znamenaly, že zásoby vody muslimské země byly vydány na milost a nemilost jejímu většímu, nepřátelskému sousedovi. Stav Pákistánu byl po získání nezávislosti natolik nejistý, že se mnozí pozorovatelé domnívali, že země sotva přežije šest měsíců a že indický cíl sjednocení subkontinentu zůstává zřetelnou možností.