NCBI testuje nový způsob vyhledávání a získávání ortologických genů obratlovců. Pro vyhledání ortologů zadejte symbol genu (např. RAG1) nebo symbol genu v kombinaci s taxonomickou skupinou (např. primát RAG1). Z nabídky návrhů vyberte odpovídající položku nebo můžete vybrat možnost orthologs (např. Rag1 orthologs) pro zobrazení všech orthologů. Vaše vyhledávání vrátí odkaz na soubor ortologů, který poskytuje zdroj genů NCBI. Kliknutím na odkaz na výsledky zobrazíte informace pro danou skupinu ortologů (obrázek 1).
Obrázek 1. Vyhledávání ortologů Rag1 zobrazující odkaz na soubor genů RAG1 z obratlovců.
Na stránce ortologů (obrázek 2) můžete vybrat sekvence transkriptů nebo proteinů ke stažení nebo zarovnání, použít taxonomický strom k upřesnění výsledků a proniknout až na úroveň druhů. Najdete zde podrobnější informace o genech s odkazy na BLAST a GDV, prohlížeč genomu NCBI. Na základě vašeho výběru získáte také rychlý přístup k literatuře z PubMed.
Obrázek 2. Soubor ortologů RAG1 pro čelistnaté obratlovce s odkazy na gen, referenční sekvence, stažení sekvence a zarovnání. Na kartě Literatura jsou uvedeny příslušné citace z PubMedu pro vybrané ortology. Taxonomický strom umožňuje rychle najít podrobné výsledky pro konkrétní druh, například pro opici rodu Rhesus.
Pokud hledáte sadu orthogolů, vyzkoušejte to a dejte nám vědět, co si myslíte. Zůstaňte naladěni na aktualizace!