Epidermis embrya, mláděte nebo polodospělého krokodýla obsahuje rete Malpighii: jednu vrstvu krátkých válcovitých buněk. Nad rete jsou poněkud zploštělé, diskovité buňky vzniklé příčným dělením základních buněk rete. Na vnější straně leží epitrichiální vrstva, mozaika polygonálních buněk, z nichž každá má blízko svého středu oválné jádro. Mezi epitrichiálními buňkami jsou malé oválné otvory, ne nepodobné stomatu v epidermis rostlinných tkání. Bronn se domnívá, že se nejedná o artefakty, ale nenavrhuje žádné vysvětlení jejich výskytu.
Na krátkých, válcovitých buňkách rete Malpighii jsou zploštělé buňky, které se postupně stávají velmi plochými a ztrácejí jádra, když přecházejí do rohové vrstvy. stratum corneum se skládá ze silně zploštělých buněk, ve kterých již nelze jasně vidět jádra, i když jejich umístění lze obvykle určit podle skupin pigmentových granulí. Na buňkách povrchovějších vrstev stratum corneum jsou rovné tmavé čáry, možná hřebeny způsobené tlakem nad- nebo podkladových polygonálních buněk. Jednotlivé buňky rohové vrstvy jsou obvykle snadno izolovatelné v oblasti břicha a krku, kde nikdy nejsou příliš silné; na zádech jsou však buňky této vrstvy velmi početné a vzájemně splývají a vytvářejí kostěné destičky; zde je rete jedinou jasně diferencovanou vrstvou. Zda jsou v epidermis krokodýla Bronn přítomny pichlavé buňky, není jisté, i když se domnívá, že pravděpodobně ano.
Rathke upozornil, že na povrchu některých záhybů integumentu, zejména v oblasti čelistí, se u všech Crocodilia nacházejí určité malé, roztroušené, bradavičnaté vyvýšeniny, kolem každé z nich je obvykle úzká, mělká, kruhová rýha; obvykle mají tmavohnědou, ale někdy i šedou nebo dokonce bílou barvu. Mikroskopické vyšetření ukazuje, že tyto bradavice jsou epidermálního původu, skládají se ze světlých, kulatých buněk, které jsou těsně spojené, bez viditelné mezibuněčné hmoty. Při ošetření hydroxidem draselným a následně vodou se někdy, i když ne vždy, v buňkách objeví jemná zrnitá jádra. Pravděpodobně u všech příslušníků rodu Crocodilus se alespoň na hrudním koši na pravé a levé straně krku a trupu nachází malá plochá jamka, která má vzhled otvoru integumentální žlázy. Důlky se vyskytují také v šupinách na hrdle, pod boční stranou krku, na bocích těla, na bočních a břišních plochách přední poloviny ocasu a na končetinách. Nacházejí se v blízkosti zadního okraje šupin. Pouze výjimečně se v jedné šupině vyskytují dva důlky. Tyto jamky se vyskytují u gaviálů, ale u některých, pravděpodobně všech aligátorů chybějí. Ze středu některých jamek vystupuje malý knoflík. Tyto jamky nejsou otvory žláz, ale mají přibližně stejnou strukturu jako jamky, které vidíme na hlavě.
Celkové kosti u Crocodilia vycházejí z vaziva cutis. Výzkumy u mladých zvířat ukazují, že tyto kosti mají obvykle původ ve spodních a středních vrstvách cutis a zpravidla se vyvíjejí směrem k periferii.