Termín morfologie v biologii označuje formu, strukturu a uspořádání organismu.Zahrnuje aspekty vnějšího vzhledu (tvar, struktura, barva, vzor), stejně jako formu a strukturu vnitřních částí, jako jsou kosti a orgány. To je v protikladu k fyziologii, která se zabývá především funkcí.
Morfologie je odvětví vědy o živé přírodě, které se zabývá studiem hrubé stavby organismu nebo taxonu a jeho složek. Lze ji rozdělit na dvě samostatná odvětví: Anatomie je studium stavby a vnitřních orgánů organismu. Studium vnějšího vzhledu organismu se nazývá eidonomie, ale ačkoli v počátcích historie biologie převládala, dnes se již studuje jen málo, protože dozrála vlivem konvergentní evoluce. Přináší tedy méně nových informací o organismech než anatomie, a proto se vnější vzhled forem života obvykle studuje v rámci obecného zkoumání morfologie, např. v souvislosti s fylogenetickým výzkumem.
Také se používá termín „hrubá morfologie“, který označuje nápadné nebo hlavní aspekty morfologie organismu nebo taxonu. Popis hrubé morfologie organismu by zahrnoval například jeho celkový tvar, celkové zbarvení, hlavní znaky atd., nikoli však jemnější detaily.
Většina taxonů se morfologicky liší od jiných taxonů. Obvykle se blízce příbuzné taxony liší mnohem méně než vzdáleněji příbuzné, ale existují i výjimky. Kryptické druhy jsou druhy, které vypadají velmi podobně, nebo snad dokonce navenek shodně, ale jsou reprodukčně izolované. Naopak někdy nepříbuzné taxony získají podobný vzhled díky konvergentní evoluci nebo dokonce mimikry. Dalším problémem při spoléhání se na morfologické údaje je, že to, co se z morfologického hlediska může jevit jako dva odlišné druhy, může být ve skutečnosti analýzou DNA prokázáno jako jeden druh.