Malajsie se nachází v jihovýchodní Asii a s rozlohou 329 750 km² (127 317 km²) se skládá ze dvou nesouvislých oblastí: Malajský poloostrov (dříve Západní Malajsie) na asijské pevnině a státy Sarawak a Sabah, známé společně jako Východní Malajsie, na ostrově Borneo. Rozloha Malajsie je o něco větší než rozloha státu Nové Mexiko. Malajský poloostrov, který vyčnívá na jih od asijské pevniny, má rozlohu 131 587 km² a táhne se v délce 748 km JV-SZ a 322 km VJV-JZ . Na severu hraničí s Thajskem, na východě s Jihočínským mořem, na jihu s Johoreským průlivem a na západě s Malackým průlivem a Andamanským mořem, přičemž celková délka hranic činí 2 068 km (1 285 mil). Sarawak o rozloze 124 449 km² (48 050 mil²) na severozápadním pobřeží Bornea se táhne v délce 679 km (422 mil) SZ-JV a 254 km (158 mil) VJV-SZ . Na SZ sousedí s Brunejí, na SV se Sabachem, na V a S s Indonésií a na Z s Jihočínským mořem. Celková délka hranic Sarawaku je 2 621 km (1 629 mil). Sabah se nachází na severním konci Bornea a má rozlohu 74 398 km² (28 725 mil²), délku 412 km (256 mil) V-Z a šířku 328 km (204 mil) S-J . Na SZ se nachází Balabacký průliv, na SV moře Sulu, na JV moře Celebes, na S Indonésie, na JZ Sarawak a na Z Jihočínské moře, přičemž celková délka hranic činí 2 008 km (1 248 mil). Celková délka hranic Malajsie je 7 344 km (4 563 mil), z toho 4 675 km (2 905 mil) tvoří pobřeží.
Malajsie si nárokuje několik atolů Spratlyho ostrovní skupiny v Jihočínském moři. Tento nárok v oblasti, kde se předpokládá výskyt ropy, zpochybňují Čína, Filipíny, Tchaj-wan a Vietnam. Hlavní město Malajsie, Kuala Lumpur, se nachází v západní části Malajského poloostrova.