Raná léta
Pederson se narodil v roce 1968 v Bellinghamu ve státě Washington. Navštěvoval střední školu Ferndale High School v nedalekém Ferndale ve státě Washington a byl vybrán do celostátního výběru ve fotbale, basketbalu a baseballu. Po střední škole vystudoval Severovýchodní louisianskou univerzitu, kde v letech 1987 až 1990 působil jako rozehrávač. Na této škole je dodnes držitelem několika rekordů v počtu přihrávek.
Profesionální
Miami Dolphins
Pederson původně podepsal smlouvu s týmem Miami Dolphins 1. května 1991 jako volný hráč nováčka z Northeast Louisiana University (nyní University of Louisiana at Monroe) v Monroe ve státě Louisiana. Dne 17. srpna 1991, ještě před začátkem základní části sezóny, byl z týmu vyřazen. Poté, co strávil sezónu 1991 jako volný hráč, byl 4. února 1992 draftován týmem New York/New Jersey Knights ze Světové ligy amerického fotbalu (WLAF) v pátém kole pro první skupinu hráčů vhodných pro draft. Druhý pool, z něhož se draftovalo 20. února, se skládal z hráčů, které do ligy přidělily týmy NFL. V týmu Knights působil od března do května 1992 jako záložní rozehrávač Reggieho Slacka.
Po skončení sezóny WLAF byl 2. června 1992 přeřazen do týmu Dolphins. Pederson strávil s Dolphins tréninkový kemp v roce 1992, než byl během závěrečných škrtů na soupisce opět propuštěn. Následně byl znovu zapsán do tréninkového týmu, kde trénoval ve skautském týmu, dokud nebyl 8. října 1992 vyřazen. Po sezóně, 3. března 1993, s ním Dolphins znovu podepsali smlouvu. Po třetím tréninkovém kempu u Dolphins byl 31. srpna 1993 opět vyřazen. Podruhé za sebou byl Pederson znovu zapsán do tréninkového týmu, a to 1. září 1993. Dan Marino, od roku 1983 základní quarterback Dolphins, si 10. října 1993 v šestém týdnu utkání proti Clevelandu Browns přetrhl Achillovu šlachu a musel ho nahradit náhradník Scott Mitchell. Pederson nahradil Marina na aktivní soupisce a následující čtyři zápasy sloužil jako Mitchellova záloha. Pederson debutoval v NFL 24. října 1993 v zápase 8. týdne proti Indianapolis Colts. Když Mitchell utrpěl 14. listopadu 1993 v 11. týdnu zápasu proti Philadelphii Eagles oddělené rameno, pomohl hlavnímu trenérovi Donu Shule získat jeho rekordní 325. vítězství v NFL v roli trenéra. V tomto rekordním zápase pro trenéra Shula nastoupil Pederson ve 3. čtvrtině zápasu a odehrál 3 z 6 na 34 yardů a dokončil několik důležitých 3. downů. Pederson dokázal Delfíny dovést k vítězství. Pederson také zastoupil nedávno získaného Steva DeBerga ve třech zápasech, které Mitchell vynechal kvůli zranění. Krátce nastoupil ve 14. týdnu v zápase proti New York Giants, zatímco DeBerg dostával stehy na obličeji. Po 15. týdnu se Mitchell vrátil jako rozehrávač Dolphins a Pederson byl 16. prosince 1993 propuštěn ve prospěch náhradníka DeBerga a třetího rozehrávače Hugha Millena. 16. dubna 1994, po skončení sezóny, Pederson znovu podepsal smlouvu s Dolphins. Celou sezónu 1994 strávil na aktivní soupisce Dolphins jako třetí rozehrávač za Marinem a Berniem Kosarem. Dne 15. února 1995 byl Pederson vybrán týmem Carolina Panthers ve dvaadvacátém kole rozšiřovacího draftu NFL poté, co byl 19. ledna zařazen na seznam volných hráčů Dolphins, ale 24. května 1995 byl propuštěn. Po propuštění se vrátil do Světové ligy a hrál za tým Rhein Fire. V červnu 1995 Pederson znovu podepsal smlouvu s Dolphins. Po soupeření s Danem McGwirem během celého tréninkového kempu byl Pederson 22. srpna 1995 propuštěn. Marino utrpěl během zápasu v 6. týdnu zranění kolena, a tak byl Pederson 10. října znovu podepsán, aby v následujících dvou zápasech sloužil jako třetí rozehrávač za Kosarem a McGwirem. Po návratu Marina v 9. týdnu 24. října byl opět propuštěn.
První angažmá u Packers
Pederson působil u Green Bay Packers po 10. týdnu roku 1995 kvůli zranění, které utrpěl záložník Ty Detmer, a menšímu zranění, které utrpěl startér Brett Favre. Třetí zadák T. J. Rubley byl nucen hrát v 10. týdnu a hodil interception, který ukončil zápas poté, co zavolal audible a šel proti playcall trenéra Mikea Holmgrena. Packers podepsali smlouvu s Bobem Gaglianem, aby v 11. a 12. týdnu zastával funkci třetího rozehrávače. Pederson nahradil Gagliana ve funkci třetího rozehrávače, když 22. listopadu 1995 podepsal smlouvu s Packers. Dne 29. listopadu 1995 si Packers vyžádali od Browns Jima McMahona, aby sloužil jako Favreho záloha před Pedersonem a Rubleym. Rubley byl 13. prosince vyřazen, takže McMahon a Pederson zůstali Favreho náhradníky. Favre nevynechal žádný zápas, takže Pederson v roce 1995 za Packers nenastoupil k žádnému utkání. V roce 1996 Pederson zastával funkci třetího quarterbacka za Favrem a McMahonem, odehrál jeden zápas, ale nezaznamenal žádné statistiky. Po vítězství Packers nad Patriots v Super Bowlu XXXI obdržel prsten Super Bowlu. S Packers znovu podepsal dvouletou smlouvu 20. února 1997. Pederson byl po celý rok 1997 opět třetím quarterbackem, který kryl záda Favremu a Stevu Bonovi. V roce 1998 Pederson porazil Ricka Mirera v boji o místo záložníka Favreho a také o místo hlavního nahrávače. V pátém týdnu prohry s Minnesotou Vikings Pederson nahradil Favreho v posledních pěti minutách zápasu a hodil místo něj dva touchdowny. Pederson však utrpěl zlomeninu čelisti, která ho vyřadila z dalších čtyř zápasů týmu.
Philadelphia Eagles
Pederson podepsal 18. února 1999 tříletou smlouvu na 4,5 milionu dolarů s týmem Philadelphia Eagles a stal se základním rozehrávačem týmu pod novým trenérem Andy Reidem, který byl Pedersonovým trenérem rozehrávačů v Green Bay v letech 1997 až 1998. Eagles draftovali Donovana McNabba v dubnu 1999 jako druhého hráče v celkovém pořadí a Reid prohlásil, že Pederson zůstane rozehrávačem, dokud nebude McNabb připraven hrát. V devíti startech za Eagles měl Pederson bilanci 2-7, úspěšnost zakončení 51,6 %, 1 168 přihrávkových yardů, šest touchdownů a devět interceptions. Při svém prvním startu v kariéře, v zápase 1. týdne proti Arizoně Cardinals, hodil Pederson dva touchdowny v první čtvrtině a pomohl tak Eagles k vedení 21:0. V zápase s Arizonou Cardinals se Pederson stal nejlepším střelcem týmu. Cardinals se však vrátili a vyhráli zápas gólem z pole, když vypršel čas, 25-24. Pederson zahrál 12 z 25, získal 91 yardů a dva touchdowny. McNabb nahradil Pedersona, který utrpěl pohmožděninu ramene, po polovině zápasu s Tampou Bay Buccaneers, v němž Pederson prohrál 12 z 19 a získal 100 yardů a jeden interception. Pederson nastoupil ve 3. týdnu při prohře s Buffalem Bills (26:0), kdy odehrál 14 z 26 yardů za 137 yardů a dva ztracené fumble, a ve čtvrté čtvrtině ho opět vystřídal McNabb. Ve 4. týdnu při prohře s New York Giants odehrál Pederson 6 z 15 bodů za 75 yardů a dvě interception, než byl po přestávce vystřídán McNabbem. Pedersonova první výhra v NFL přišla v 5. týdnu v zápase proti Dallas Cowboys. Odehrál celý zápas a dosáhl 11 z 29 bodů za 145 yardů, jeden touchdown a jeden interception. Pederson odehrál celé tři následující zápasy a zaznamenal bilanci 1-2, přičemž hodil tři touchdowny a tři interceptions. Při svém posledním startu za Eagle byl Pederson posazen na lavičku v poločase zápasu 9. týdne proti Carolině Panthers poté, co měl bilanci 3 z 9 na 28 yardů a prohrával 23-0. Na pozici quarterbacka se znovu objevil až ve 14. týdnu v zápase proti Cowboys, v němž McNabb utrpěl ve čtvrté čtvrtině zranění. Pederson prohrál 8:12 na 108 yardů a touchdown a v 15. týdnu, kdy byl McNabb stále zraněný, před ním nastoupil Koy Detmer. Poté, co s týmem strávil tréninkový kemp následující sezony, Eagles Pedersona 28. srpna 2000 propustili.
Cleveland Browns
Pederson po propuštění od Eagles zvažoval odchod do důchodu, ale místo toho 2. září 2000 podepsal dvouletou smlouvu s Cleveland Browns. Záložní hráč Browns, Ty Detmer, utrpěl zranění na konci sezóny a Browns potřebovali náhradního quarterbacka za začínajícího Tima Couche. Bylo to podruhé v Pedersonově kariéře, kdy byl podepsán jako náhrada za zraněného Ty Detmera. Pederson začínal jako třetí quarterback za Couchem a Spergonem Wynnem, dokud Couch v sedmém týdnu neutrpěl zranění, které ukončilo sezónu. Pederson nastoupil do dalších šesti zápasů a zaznamenal bilanci 1-5. Ve 13. týdnu zápasu proti Baltimore Ravens byl vyřazen ze hry s pohmožděnými žebry a nahrazen Wynnem. Wynn nastoupil následující týden proti Jacksonville Jaguars, ale utrpěl zranění, které ukončilo sezónu, a nahradil ho Pederson. Pederson se vrátil na poslední dva zápasy sezony a oba prohrál, včetně prohry 35:24 se svým bývalým týmem Eagles a 24:0 s Tennessee Titans. Pederson byl po sezóně propuštěn 22. února 2001.
Green Bay Packers (druhé působiště)
Packers znovu podepsali s Pedersonem roční smlouvu 13. března 2001, aby nahradil záložníka Matta Hasselbecka, který byl vyměněn do Seattlu Seahawks. Pederson byl hlavní zálohou Favreho po celou sezónu 2001 a v každém zápase byl hlavním rozehrávačem. Dne 2. dubna 2002 s ním Packers znovu podepsali roční smlouvu na 650 000 dolarů. V roce 2002 byl Pederson opět záložním rozehrávačem a hlavním držitelem míče ve všech 16 zápasech. V zápase 7. týdne proti Washingtonu Redskins utrpěl Favre výron v koleni a Pederson převzal ve druhém poločase většinu střídání, dosáhl úspěšnosti 9:15 a 78 yardů a pomohl k vítězství 30:9. Ve druhém poločase se Pederson stal nejlepším nahrávačem týmu. Pederson hrál také v zápasech proti Miami Dolphins, Detroit Lions a New York Jets. Dne 29. dubna 2003 znovu podepsal s Packers roční smlouvu na 750 000 dolarů. Třetí sezónu po sobě Pederson kryl záda Favremu ve všech 16 zápasech a držel placekicky. Během základní části zkompletoval obě své přihrávky na celkem 16 yardů. Packers znovu podepsali s Pedersonem roční smlouvu 28. dubna 2004. Tim Couch byl podepsán, aby se ucházel o místo záložního quarterbacka, ale prohrál s Pedersonem a 5. září 2004 byl propuštěn. Ve třetím týdnu zápasu proti Indianapolis Colts Pederson nahradil Favreho při prohraném zápase a dosáhl výsledku 4 ze 6 na 34 yardů a jeden interception. Následující týden, ve 4. zápase proti New York Giants, utrpěl Favre ve třetí čtvrtině otřes mozku a na pozici quarterbacka ho nahradil Pederson. Pederson prohrál 7 ze 17 a získal 86 yardů a interception, než ve třetí čtvrtině utrpěl úder do boku, který měl za následek prasklou kost v zádech, natržený sval v boku a zlomené žebro. Ve hře zůstal až do posledního snapu, kdy ho nahradil třetí quarterback Craig Nall. Pederson byl 7. října zařazen na listinu zraněných hráčů, čímž pro něj skončila sezóna. V březnu 2005 odešel do důchodu a stal se hlavním trenérem na Calvary Baptist Academy.