Zóna T buněk (periarteriolární pochva) a folikuly B buněk obsahují diskrétní populace makrofágů; o těchto populacích makrofágů však není mnoho známo z hlediska jejich původu a délky života. Tyto makrofágy nejsou jedinečné pro slezinu, ale tvoří nedílnou součást lymfoidních částí všech sekundárních lymfoidních orgánů.
V B buněčných folikulech jsou makrofágy důležité při odstraňování apoptotických B buněk, které vznikají během reakce zárodečného centra v procesu somatické hypermutace a přepínání izotypů. B buňky, které nemohou vytvořit příslušné receptory, odumírají v důsledku apoptózy a jsou následně vyčištěny makrofágy v zárodečném centru. Během intenzivních reakcí v zárodečném centru je tento proces zřejmý díky přítomnosti velkých makrofágů v zárodečném centru, známých jako makrofágy hmatného tělíska. (Jsou tak pojmenovány proto, že jejich „cinkající tělíska“ představují kondenzovaná apoptotická jádra). Aby mohly být apoptotické buňky vychytány makrofágy, je důležité, aby byl na vnějším povrchu apoptotických buněk exprimován fosfatidylserin, který je rozpoznáván mnoha receptory. Makrofágy hmatného těla exprimují: tyrozinkinázu Mer, epidermální růstový faktor 8 mléčné tukové koule a Tim-4, což podporuje pohlcení apoptotických buněk makrofágy.
Makrofágy jsou přítomny také v oblasti T buněk bílé pulpy, ale jejich role je méně známá. Tato populace makrofágů se nachází ve všech ostatních T buněčných zónách sekundárních lymfoidních orgánů. Je možné, že tyto makrofágy jsou potomky hlídkujících monocytů, které se do bílé pulpy dostaly z krve. Vzhledem k tomu, že jsou umístěny vedle T lymfocytů, předpokládá se, že tyto makrofágy mají úlohu při prezentaci antigenu nebo při odstraňování odumírajících lymfocytů.
.