Masakr v Glen Coe
Revoluce v Anglii proběhla téměř bez krveprolití, ale ve Skotsku a Irsku došlo k ozbrojenému odporu. Ten se ve Skotsku zhroutil v roce 1689, ale země zůstala neklidná a nepokojná po celou dobu Vilémovy vlády. V roce 1692 byl chladnokrevně zavražděn Alexander MacDonald z Glen Coe a někteří členové jeho klanu za pozdní složení přísahy věrnosti Vilémovi. Vilém nařídil vyšetřování, ale nepodnikl žádné další kroky, až v roce 1695 skotský parlament požadoval veřejné vyšetřování. Poté projevil k pachatelům trestuhodnou shovívavost a pouze odvolal z funkce tajemníka sira Johna Dalrympla, na kterého byla nakonec svalena odpovědnost za masakr. V Irsku formálně vypukla válka v roce 1689, kdy se tam Jakub vylodil s francouzskou podporou. Úspěšná obrana Londonderry a Enniskillenu a Vilémovo vlastní vítězství v bitvě u Boyne 1. července 1690 mu však zajistily znovudobytí Irska a umožnily mu obrátit pozornost k evropskému kontinentu. Zde po sérii menších útoků na říši vtrhl Ludvík XIV. v roce 1688 do Falce. Nizozemci a císař uzavřeli Vídeňskou smlouvu (květen 1689) a vyhlásili Ludvíkovi válku; během následujících 18 měsíců Vilémovy vzácné diplomatické schopnosti přivedly do spojenectví Braniborsko, Hannoversko, Sasko, Bavorsko, Savojsko a Španělsko a také Anglii, která se stala jeho opěrným bodem.
Od roku 1691 strávil Vilém mnoho času tažením na kontinentě s různým úspěchem, ale v roce 1696 řada faktorů způsobila, že obě strany toužily po míru, a v roce 1697 byly podepsány smlouvy z Rijswijku. Otázka, která měla zásadní význam pro evropskou rovnováhu sil, kdo bude nástupcem bezdětného španělského krále Karla II. však zůstávala nevyřešena a Vilém měl důvod se obávat, že mír nebude ničím víc než příměřím. Anglický parlament byl naopak přesvědčen, že bude trvalý, trval na snížení velikosti armády a rozhodně se odvrátil od zahraničních záležitostí. Vilém v naději, že zabrání nové válce, uzavřel s Ludvíkem dvě smlouvy o dělení Španělska (1698-99) – opatření, která ho uvrhla do vážných třenic s parlamentem. Když však španělský král 1. listopadu 1700 zemřel, Ludvík, ignorujíc své dohody, přijal španělskou korunu pro svého vnuka a brzy ukázal, že se nevzdal svých plánů na francouzské zvelebení.
Villiam, ačkoli mu v tom bránila anglická apatie, se pustil do obnovy Velké aliance a přípravy svých dvou zemí na nyní nevyhnutelný konflikt. V září 1701 zemřel vyhnaný Jakub II. a Ludvík XIV. prohlásil svého syna anglickým králem, což bylo v rozporu s dohodou v jedné z Rijswijských smluv, a podnítil tak Angličany k válečnému nadšení. Vilém se vyhlášení této války nedožil. Jeho zdraví se již dlouho zhoršovalo a v březnu 1702 zemřel. Jeho plány na evropské osídlení byly z velké části uskutečněny Utrechtskou smlouvou (1713). Jeho ideálem, o který vytrvale usiloval 30 let, bylo mezinárodní uspořádání, v němž by žádná mocnost nemohla tyranizovat ostatní.