T-cellzonen (periarteriolär skida) och B-cellfolliklar innehåller diskreta makrofagpopulationer, men man vet inte mycket om dessa makrofagpopulationer när det gäller deras ursprung och livslängd. Dessa makrofager är inte unika för mjälten utan utgör istället en integrerad del av de lymfoida delarna av alla sekundära lymfoida organ.
I B-cellsfolliklarna är makrofagerna viktiga för att rensa bort de apoptotiska B-cellerna som uppstår under germinalcentrumreaktionen i processen för somatisk hypermutation och isotypväxling. B-celler som inte kan bilda sina lämpliga receptorer dör av apoptos och rensas därefter av makrofagerna i det germinala centret. Under intensiva germinalcentrumreaktioner är denna process uppenbar på grund av närvaron av de stora makrofagerna i germinalcentrumet, de så kallade tingible body-makrofagerna. (De kallas så eftersom deras ”tingible bodies” utgörs av kondenserade apoptotiska kärnor). För att de apoptotiska cellerna ska kunna tas upp av makrofagerna är det viktigt att fosfatidylserin uttrycks på de apoptotiska cellernas yttre yta, vilket känns igen av flera receptorer. Makrofagerna i den konkreta kroppen uttrycker: tyrosinkinas Mer, mjölkfettkulan epidermal tillväxtfaktor 8 och Tim-4, som alla stödjer uppslukningen av de apoptotiska cellerna i makrofagerna.
Makrofager finns också i T-cellområdet i den vita massan, men deras roll är mindre väl förstådd. Denna population av makrofager finns i alla andra T-cellzoner i de sekundära lymfoida organen. Det är möjligt att dessa makrofager är ättlingar till patrullerande monocyter som kom in i den vita massan från blodet. På grund av att de är placerade vid sidan av T-cellerna föreslås det att dessa makrofager har en roll i antigenpresentationen eller avlägsnandet av döende lymfocyter.