Kritiker av Southamptons stads sigill har förbisett en annan viktig avvikelse i bilden av pilgrimmen: De engelsmän som gjorde anspråk på Southampton var puritaner snarare än pilgrimer. Southampton, liksom Southold, East Hampton, Oyster Bay och Huntington, etablerades som en utpost i New Haven-kolonin, som grundades av puritanerna John Davenport och Theophilus Eaton 1638. Även om pilgrimerna ibland har beskrivits som extrema puritaner visar deras historia i Amerika på betydande skillnader mellan de två.
Pilgrimerna var separatister som först bosatte sig i Plymouth, Massachusetts, 1620 och som senare upprättade handelsposter vid Kennebec-floden i Maine, på Cape Cod och nära Windsor, Conn. Puritanerna var icke-separatister som 1630 anslöt sig till migrationen för att etablera Massachusetts Bay-kolonin. Inom tio år bosatte sig puritanerna i större delen av Massachusetts, Connecticut och delar av Long Island.
Pilgrimseparatister förkastade Engelska kyrkan och de rester av katolicismen som Engelska kyrkan representerade. Puritanska icke-separatister, även om de var lika ivriga i sin religiösa övertygelse, var engagerade i en reformation av Englands kyrka och ett återupprättande av det tidiga kristna samhället.
De praktiska överväganden som kolonisationen innebar och den enorma oceaniska utbredningen mellan England och Amerika modifierade så småningom skillnaderna mellan pilgrimer och puritaner i den nya världen. År 1691 införlivades Plymouth i Massachusetts Bay Colony.