Termen morfologi i biologin hänvisar till formen, strukturen och konfigurationen av en organism.Detta inkluderar aspekter av det yttre utseendet (form, struktur, färg, mönster) samt formen och strukturen av de inre delarna som ben och organ. Detta står i kontrast till fysiologi, som främst handlar om funktion.
Morfologi är en gren av biovetenskapen som behandlar studiet av grovstrukturen hos en organism eller taxon och dess beståndsdelar. Den kan delas in i två olika grenar: Anatomi är studiet av en organisms struktur och inre organ. Studiet av en organisms yttre utseende kallas eidonomi, men även om det var dominerande tidigt i biologins historia är det numera föga studerat eftersom det är moget för effekterna av konvergent evolution. Det ger alltså mindre ny information om organismer än anatomi, och därför studeras livsformernas yttre utseende vanligen som en del av allmänna undersökningar inom morfologi, t.ex. inom ramen för fylogenetisk forskning.
Också i bruk är termen ”bruttomorfologi”, som avser de framträdande eller huvudsakliga aspekterna av en organisms eller taxons morfologi. En beskrivning av en organisms grovmorfologi skulle till exempel omfatta dess övergripande form, övergripande färg, huvudsakliga markeringar etc. men inte finare detaljer.
De flesta taxa skiljer sig morfologiskt från andra taxa. Typiskt sett skiljer sig närbesläktade taxa mycket mindre än mer avlägset besläktade taxa, men det finns undantag från detta. Kryptiska arter är arter som ser mycket lika ut, eller kanske till och med är identiska till det yttre, men som är reproduktivt isolerade. Omvänt får ibland obesläktade taxa ett liknande utseende genom konvergent utveckling eller till och med genom mimik. Ett annat problem med att förlita sig på morfologiska data är att det som morfologiskt sett kan se ut att vara två olika arter i själva verket kan visa sig vara en enda art genom DNA-analys.