Spelet avviker från det traditionella spelupplägget i Mario Kart-serien, där målet är att nå mållinjen först; det här spelet använder sig av ett poängbaserat system. Det finns fyra alternativ för hastighet: 50cc (nämligen ”lugnt”), 100cc (”snabbt”), 150cc (”mycket snabbt”) och 200cc (”för snabbt”). Till skillnad från tidigare delar av serien sker mycket av körningen (särskilt acceleration, hoppförstärkningar) automatiskt. Mario Kart Tour innehåller funktioner från tidigare Mario Kart-spel, t.ex. undervattensracing och hanggliding från Mario Kart 7. Det här spelet introducerar ett nytt Frenzy-läge, som uppstår när en förare får tre identiska föremål från en föremålslåda. Varje karaktär kan få ett unikt föremål (även kallat ”Special Skill”) från föremålslådor.
Mario Kart Tour introducerar ett nytt format som kallas ”Tours”. Turerna är uppkallade efter städer i den verkliga världen, Mario-seriens karaktärer, Mario-seriens spel eller andra teman (t.ex. matlagning och helgdagar). Varje turné varar i två veckor och börjar på onsdag kl. 6.00 UTC. Under en turné kan spelarna tävla i tolv till arton cuper och samla förare, karts och glidare som representerar motsvarande städer eller teman. Det finns också spotlightförare, karts och glidare medan en turné pågår i två veckor. Varje cup består av tre banor och en bonusutmaning. Banor från tidigare cuper kan återanvändas för efterföljande cuper. De flesta tävlingar har två varv, medan de flesta bonusutmaningar görs på ett varv. Cuparna är också uppkallade efter några av förarna i spelet istället för de vanliga föremålen i Mario-serien.
När spelaren avslutar ett lopp tilldelas spelaren Grand Stars för att låsa upp tour-gåvor, mynt och erfarenhetspoäng för den använda karaktären, kartan och glidaren. Om spelaren slutar bland de tre bästa får han eller hon några spelarpoäng för sin nivå. Om spelaren slutar på 5:e plats eller lägre kommer nivåguiderna att sjunka. När spelaren fyller mätaren helt och hållet kommer han eller hon att få en nivåhöjning för att få en belöning. Varje bana har också en gräns för erfarenhetspoäng. För närvarande är den maximala spelarnivån 150.
Varje dag kan spelaren få upp till 450 erfarenhetspoäng för varje karaktär, kart och glidare och 300 mynt från racing (900 erfarenhetspoäng och 600 mynt om spelaren prenumererar på Gold Pass). När dessa gränser är uppnådda kan spelaren inte få fler erfarenhetspoäng för karaktärerna, karts och glidare, eller samla in fler mynt från racing dagligen förrän nästa morgon kl. 6:00 UTC. För att fortsätta tjäna fler erfarenhetspoäng eller samla mynt kan spelaren spela Coin Rush för att få fler mynt eller använda poängförstärkningsbiljetter för karaktärerna, karts och glidare.
På bonusutmaningen för varje cup måste spelaren göra kravet för att slutföra cupen. Karaktären som visas på bilden av bonusutmaningen väljs alltid, även om spelaren inte har dem ännu. Att slutföra en bonusutmaning ger tre Grand Stars i stället för fem. Vissa utmaningar låter också spelaren välja vilken karaktär, kart och glidare som helst.
Varje vecka är en tour’s cup en turnering. 20 spelare placeras på en topplista baserat på den totala poängen för cupen. Senast onsdagen därpå meddelar Lakitu hur bra spelaren har klarat sig. Spelaren kommer att öka i nivå och tjäna en del belöningar om hans slutplacering är nära toppen, men han eller hon förlorar en eller två nivåer om han eller hon slutar dåligt. Spelaren får också en belöning om spelarens och hans vänners poäng når en viss nivå.
Det här spelet innehåller tävlingar mot AI-kontrollerade motståndare med användarnamn som är utformade för att få spelarna att tro att de spelar mot andra mänskliga spelare. Dessutom inleddes ett betatest för flerspelarfunktionen i detta spel från ”ungefär 23:00 PM PT den 18 december 2019 till 21:59 PM PT den 26 december 2019” och var endast tillgängligt för prenumeranter på Gold Pass. Från den 22 januari 2020 till den 28 januari 2020 pågick ett flerspelartest för alla spelare i spelet.
Vid 20:00 PT den 8 mars 2020 lanserades officiellt flerspelarfunktionen i Mario Kart Tour. Alla spelare ”kan tävla mot upp till sju andra spelare, oavsett om de är registrerade som vänner i spelet, i närheten av din plats eller till och med utspridda över hela världen”. Under tiden är ”Gold Races exklusivt tillgängliga för prenumeranter av Mario Kart Tour Gold Pass”. En av de största skillnaderna mellan Standard Races (för spelare utan Gold Pass) och Gold Races är valet av hastighet: endast 100cc är tillgängligt i Standard Races medan 150cc och 200cc är tillgängliga i Gold Races. Det finns en flerspelarrang (från F till A, S till S+6 om du har tecknat Gold Pass) för varje spelare. En procentsats för rankningen ökar när en spelare vinner i ett flerspelarlopp, men minskar eller förblir oförändrad vid en förlust.
Spelet kunde ursprungligen bara spelas i porträttläge, men den 21 juli 2020 fick spelet en uppdatering som gjorde det möjligt för spelarna att spela spelet i landskapsläge också.