Malaysia ligger i Sydostasien och har en yta på 329 750 kvadratkilometer och består av två icke sammanhängande områden: Halvmalaise (tidigare Västmalaysia) på det asiatiska fastlandet och delstaterna Sarawak och Sabah, som tillsammans kallas Östmalaysia, på ön Borneo. Jämförelsevis är det område som upptas av Malaysia något större än delstaten New Mexico. Malaysiahalvön, som sticker ut söderut från det asiatiska fastlandet, har en yta på 131 587 km2 och sträcker sig 748 km i sydsydväst-nordvästlig riktning och 322 km i öst-östlig-sydvästlig riktning. Det gränsar i norr till Thailand, i öster till Sydkinesiska havet, i söder till Johoresundet och i väster till Malaccasundet och Andamansjön, med en total längd på 2 068 km. Sarawak, med en yta på 124 449 km2 , på Borneos nordvästra kust, sträcker sig 679 km i nordnordsydvästlig riktning och 254 km i öst-östlig-nordvästlig riktning. Det gränsar till Brunei i norr, Sabah i nordost, Indonesien i öster och söder och Sydkinesiska havet i väster. Sarawaks totala gränslängd är 2 621 km. Sabah ligger i norra delen av Borneo och har en yta på 74 398 km2 , en längd på 412 km i öst-västlig riktning och en bredd på 328 km i nord-sydlig riktning. I norr finns Balabac sundet, i nordost Suluhavet, i sydost Celebeshavet, i sydost Indonesien, i sydväst Sarawak och i väst Sydkinesiska havet, med en sammanlagd längd på 2 008 km. Malaysias totala gräns är 7 344 km, varav 4 675 km är kustlinje.
Malaysia gör anspråk på flera atoller i ögruppen Spratlyöarna i Sydkinesiska havet. Anspråket, i en region där man misstänker olja, bestrids av Kina, Filippinerna, Taiwan och Vietnam. Malaysias huvudstad Kuala Lumpur ligger i den västra delen av halvön Malaysia.