Massakern i Glen Coe
Revolutionen i England hade genomförts nästan utan blodsutgjutelse, men i Skottland och Irland fanns det väpnat motstånd. Detta kollapsade i Skottland 1689, men landet förblev oroligt och oroligt under hela Vilhelms regeringstid. År 1692 mördades Alexander MacDonald av Glen Coe och några av hans klanmedlemmar kallblodigt för att de dröjt med att avlägga trohetseden till Vilhelm. Vilhelm beordrade en utredning men vidtog inga ytterligare åtgärder förrän det skotska parlamentet 1695 krävde en offentlig utredning. Han visade då en skyldig överseende med gärningsmännen och avskedade bara sir John Dalrymple från sin sekreterartjänst, som slutligen fick ansvaret för massakern. På Irland bröt kriget formellt ut 1689, då Jakob landsteg där med franskt stöd. Men det framgångsrika försvaret av Londonderry och Enniskillen, och Vilhelms egen seger i slaget vid Boyne den 1 juli 1690, säkrade återerövringen av Irland och frigjorde honom så att han kunde rikta sin uppmärksamhet mot den europeiska kontinenten. Här hade Ludvig XIV, efter en rad mindre attacker mot imperiet, invaderat Pfalz 1688. Holländarna och kejsaren ingick Wienfördraget (maj 1689) och förklarade krig mot Ludvig. Under de följande 18 månaderna fick Vilhelms sällsynta diplomatiska skicklighet Brandenburg, Hannover, Sachsen, Bayern, Savoyen och Spanien att ansluta sig till alliansen, liksom England, som blev dess stöttepelare.
Från och med 1691 ägnade Vilhelm mycket tid åt att bedriva kampanjer på kontinenten, med varierande grad av framgång, men år 1696 gjorde ett antal faktorer att båda sidor var angelägna om fred, och fördragen i Rijswijk undertecknades år 1697. Den för den europeiska maktbalansen viktiga frågan om vem som skulle efterträda den barnlöse spanske kungen Karl II förblev dock olöst, och Vilhelm hade goda skäl att frukta att freden inte skulle bli mer än en vapenvila. Det engelska parlamentet var däremot övertygat om att freden skulle bli varaktig, insisterade på att minska arméns storlek och vände bestämt ryggen åt utrikespolitiken. I hopp om att avvärja ett nytt krig ingick Vilhelm två spanska delningsfördrag (1698-99) med Ludvig – åtgärder som förde honom in i allvarliga friktioner med parlamentet. Men när den spanske kungen dog den 1 november 1700 accepterade Ludvig, som struntade i sina avtal, Spaniens krona för sin sonson och visade snart att han inte hade gett upp sina planer på fransk förökning.
William, även om han hämmades av den engelska apatin, satte igång med att återuppbygga den stora alliansen och att förbereda sina två länder för den nu oundvikliga konflikten. I september 1701 dog den landsflyktige Jakob II, och Ludvig XIV utropade sin son till kung av England, i strid med sin överenskommelse i ett av Rijswijkfördragen, och väckte därmed engelsmännens entusiasm för krig. Vilhelm levde inte för att se detta krig förklaras. Hans hälsa hade länge försämrats och i mars 1702 dog han. Hans planer på en europeisk uppgörelse genomfördes till stor del genom fördraget i Utrecht (1713). Hans ideal, som han ihärdigt hade strävat efter i 30 år, var en internationell ordning där ingen enskild makt kunde tyrannisera de övriga.