Assisterande tränareRedigera
Mora anställdes som tränare för kvalitetskontroll hos San Diego Chargers 1985, och flyttade upp till tränare för sekundärlaget 1989. År 1992 gick han till New Orleans Saints för att träna under sin far, huvudtränaren Jim E. Mora. År 1997 flyttade den yngre Mora till San Francisco 49ers för att träna under Steve Mariucci och blev 49ers försvarskoordinator 1999.
Atlanta FalconsRedigera
2004 anställdes Mora av Atlanta Falcons som deras huvudtränare med ett femårskontrakt på 7,5 miljoner dollar. Han ledde Falcons till ett resultat på 11-5 och en första omgång i slutspelet. Atlanta tog emot och besegrade St Louis Rams med 47-17 i divisionsrundan och gick vidare till NFC Championship Game, där man förlorade med 27-10 på bortaplan mot Philadelphia Eagles.
Under 2005 gick Falcons 8-8 och Mora karaktäriserade säsongen som ett ”besvikelseår”. Denna icke-vinnande säsong fortsatte ett av NFL:s märkligaste rekord – Falcons hade aldrig haft två vinnande säsonger i rad i rad i sin historia, en 40-årig statistisk udd som inget annat modernt proffslag har motsvarat. Detta rekord upphörde 2009. Under en returmatch i NFC-mästerskapet 2004 mot Philadelphia Eagles sågs Mora lukta på ammoniakkapslar vid sidlinjen under en sändning av Monday Night Football. John Madden noterade att vissa tränare använder kapslarna under matcherna, även om de oftast är till för spelarnas bruk. Efter säsongen 2005 skrev Mora på en treårig kontraktsförlängning med Falcons, som garanterade de sista två åren av hans ursprungliga femåriga kontrakt, och lade till ett sjätte år 2009.
De nationella medierna och Falcons-fansen hade höga förväntningar 2006, men de föll till ett 7-9 rekord. Atlanta förlorade sina tre sista matcher, varav två hemma, och missade slutspelet för andra året i rad. Den 14 december, medan Falcons fortfarande var statistiskt sett vid liv i sin strävan efter slutspel, sade Mora under en radiointervju med Dave ”Softy” Mahler och den tidigare Huskies-lagkamraten/samboen Hugh Millen på Seattles sport-talk-radiostation KJR-AM att han skulle ta huvudtränarjobbet vid University of Washington (ett jobb som inte var ledigt), om det erbjöds, ”även om vi var med i ett slutspel”. Även om Mora senare hävdade att han bara skämtade, kritiserades han av många Falcons-fans samt medlemmar av nationella medier som hävdade att det var oansvarigt att göra sådana kommentarer. Lagets ägare Arthur Blank uttryckte offentligt sitt ogillande av Moras kommentarer.
Efter säsongen meddelade Atlanta Falcons att de hade sparkat Mora. Arthur Blank sa till media:
Detta var ett extremt svårt beslut för oss. Vi hade de högsta förhoppningar och ambitioner om en lång tid med Jim som tränare, men vi känner att det här beslutet ligger i vårt långsiktiga intresse för vår franchise. Jag har stor respekt för Jims passion för spelet och vi önskar Jim och hans familj all lycka till.
Mora vände sig till tv-sändningar efter att ha fått sparken från Falcons när han blev medarbetare i NBC:s slutspelsbevakning.
Seattle SeahawksRedigera
Seattle Seahawks anställde Mora som biträdande huvudtränare och defensiv backs coach den 21 januari 2007. Efter säsongen 2007 intervjuade Mora för huvudtränarjobbet hos Washington Redskins efter att Joe Gibbs avgått, men Mora tackade nej till tjänsten för att stanna hos Seahawks. Mora tillkännagavs som efterträdare till Mike Holmgren före säsongen 2008 och skrev på ett femårskontrakt fram till säsongen 2012, beräknat till 4 miljoner dollar per år.
Mora utsågs officiellt till den sjunde huvudtränaren i franchisens historia 2009, när Holmgren gick i pension efter säsongen 2008. Hans första officiella presskonferens som ny huvudtränare för Seahawks hölls den 13 januari 2009, där han entusiastiskt delade med sig av sin vision om att ta ett Super Bowl-mästerskap till Seattle och att ha en mästerskapsparad från Space Needle till ”Hawks”-stadion, Qwest Field.
Efter att ha gått med 5-11 under sin enda säsong som huvudtränare för Seahawks, fick Mora sparken den 8 januari 2010, med tre år och 12 miljoner dollar kvar på sitt kontrakt. Mora ersattes av den tidigare USC-cheftränaren Pete Carroll.
UCLAEdit
Den 10 december 2011 meddelade UCLA Bruins att de anställt Mora som huvudtränare, som ersättare för Rick Neuheisel. Mora undertecknade ett femårskontrakt på 12 miljoner dollar plus incitament. Han började omedelbart arbeta som huvudtränare genom att anställa Adrian Klemm, Steve Broussard, Demetrice Martin och Eric Yarber som assisterande tränare. Mindre än två månader senare kom resultaten tidigt, då UCLA fick en rekryteringsklass som var rankad som nummer 12 2012, efter att ha haft en klass som var rankad på 40-talet när Rick Neuheisel lämnade klubben. Under sin första säsong som huvudtränare gick UCLA-laget 2012 med 9-5, inklusive en seger över rivalen USC med 38-28, och vann Pac-12 South-titeln för andra året i rad. Framstående spelare det året var bland annat den nya quarterbacken Brett Hundley, NFL:s förstarundeval Datone Jones och UCLA:s främsta löpare genom tiderna Johnathan Franklin. Mora byggde vidare på lagets framgångar och fick den 11-rankade rekryteringsklassen 2013, UCLA:s högst rankade rekryteringsklass under de senaste två decennierna. Under säsongen 2013 slutade Mora och Bruins 10-3 med anmärkningsvärda segrar mot det 23:e rankade Nebraska (41-21) och det 23:e rankade USC (35-14) samt en Sun Bowl-seger mot Virginia Tech (42-12). År 2014 ledde han UCLA till sin nionde säsong med tio segrar i skolans historia, och bara tredje gången i deras historia som de har vunnit tio matcher i rad.
På grund av sina framgångar i UCLA uppvaktades Mora av sin alma mater, University of Washington, för att fylla deras lediga tränarplats. Under sin tid som huvudtränare för Atlanta Falcons beskrev Mora skämtsamt positionen vid University of Washington som sitt ”drömjobb”. Mora tackade dock nej till ett ryktbart erbjudande och förlängde sitt kontrakt med UCLA med ytterligare sex år och förklarade att han så småningom vill ”förhoppningsvis gå i pension” som huvudtränare för UCLA. Veckor senare bekräftade Mora sin avsikt att förbli UCLA:s huvudtränare i fotboll genom att tacka nej till ett ryktbart erbjudande om att bli huvudtränare vid University of Texas. År 2014 tjänade Mora nästan 3,5 miljoner dollar, vilket är en ökning med 44 procent jämfört med de 2,4 miljoner dollar han tjänade 2013, vilket gjorde honom till den högst avlönade anställde i delstaten Kalifornien det året.
Jim Mora fick sparken den 19 november 2017, en dag efter UCLA:s tredje raka förlust mot rivalen USC. Efter att ha gått 29-11 genom de tre första säsongerna var han 17-19 under de tre senaste säsongerna.