Regler från National Archives and Records Administration vid den tiden krävde att all e-post som skickades eller mottogs från personliga konton skulle bevaras som en del av byråns arkiv.
Men fru Clinton och hennes medhjälpare underlät att göra det.
Hur många e-postmeddelanden som fanns på fru Clintons konto är inte klart, och inte heller hur hennes rådgivare använde sig av processen för att avgöra vilka som rörde hennes arbete på utrikesdepartementet innan de lämnade över dem.
”Det är synd att det inte skedde automatiskt när hon var utrikesminister som det borde ha skett”, säger Thomas S. Blanton, chef för National Security Archive, en grupp baserad vid George Washington University som förespråkar öppenhet i regeringen. ”Någon på utrikesdepartementet förtjänar beröm för att ha tagit initiativet att be om att få tillbaka dokumenten. För det mesta krävs hot om rättstvister och förlägenhet.”
Mr. Blanton sade att höga tjänstemän bör agera som president Obama gör, genom att skicka e-post från ett säkert myndighetskonto, där varje post bevaras för historiska ändamål.
”Personliga e-postmeddelanden är inte säkra”, sade han. ”Höga tjänstemän bör inte använda dem.”
Sanktioner för att inte följa de federala kraven på registerhållning är sällsynta, eftersom National Archives har få möjligheter till verkställighet.
Mr Merrill, talesman för fru Clinton, avböjde att ge några detaljer om varför hon hade valt att sköta utrikesdepartementets ärenden från sitt personliga konto. Han sade att eftersom fru Clinton hade skickat e-post till andra tjänstemän vid utrikesdepartementet på deras statliga konton hade hon ”alla förväntningar på att de skulle bevaras”. Han tog inte upp e-postmeddelanden som fru Clinton kan ha skickat till utländska ledare, personer i den privata sektorn eller regeringstjänstemän utanför utrikesdepartementet.
Offentliggörandet av det privata e-postkontot är ett eko av den långvariga kritik som riktats mot både den före detta sekreteraren och hennes make, den före detta presidenten Bill Clinton, för bristande öppenhet och en benägenhet till hemlighetsmakeri.