Första åren
Pederson föddes i Bellingham, Washington, 1968. Han gick på Ferndale High School i närliggande Ferndale, Washington, och var All-State-vald i fotboll, basket och baseball. Efter high school tog han examen från Northeast Louisiana University, där han var quarterback från 1987 till 1990. Han har fortfarande flera passningsrekord på skolan.
Professionell
Miami Dolphins
Pederson skrev ursprungligen på som rookie free agent av Miami Dolphins den 1 maj 1991, från Northeast Louisiana University (numera University of Louisiana at Monroe) i Monroe, Louisiana. Han blev avskedad den 17 augusti 1991, före starten av den ordinarie säsongen. Efter att ha tillbringat säsongen 1991 som free agent, tog New York/New Jersey Knights i World League of American Football (WLAF) in honom i den femte rundan i den första gruppen av spelare som var kvalificerade att delta i draften den 4 februari 1992. Den andra poolen, från vilken han draftades den 20 februari, bestod av spelare som tilldelats av NFL-lag till ligan. Han var reservquarterback till Reggie Slack i Knights från mars till maj 1992.
När WLAF:s säsong var slut skrev han på nytt kontrakt med Dolphins den 2 juni 1992. Pederson tillbringade 1992 års träningsläger med Dolphins, innan han släpptes i samband med de slutliga nedskärningarna i listan igen. Han blev därefter återigen kontrakterad till lagets practice squad, där han tränade i scout teamet tills han blev waived den 8 oktober 1992. Han återigen undertecknades av Dolphins efter säsongen den 3 mars 1993. Efter sitt tredje träningsläger med Dolphins blev han återigen avskedad den 31 augusti 1993. För andra säsongen i rad blev Pederson återigen kontrakterad till lagets practice squad, den 1 september 1993. Dan Marino, Dolphins startande quarterback sedan 1983, bröt sin akillessena i en match vecka 6 mot Cleveland Browns den 10 oktober 1993, vilket tvingade reservspelaren Scott Mitchell att ersätta honom. Pederson ersatte Marino på den aktiva listan och fungerade som Mitchells backup under de följande fyra matcherna. Pederson gjorde sin NFL-debut den 24 oktober 1993 i en match vecka 8 mot Indianapolis Colts. Han hjälpte huvudtränaren Don Shula att vinna sin NFL-rekordmässiga 325:e seger som tränare när Mitchell drabbades av en axelskada i en match vecka 11 mot Philadelphia Eagles den 14 november 1993. I denna rekordmatch för coach Shula kom Pederson in i den tredje kvarten av matchen och gjorde 3 av 6 för 34 yards och avslutade flera viktiga tredje downs. Pederson kunde styra Dolphins till seger. Pederson fungerade också som backup för den nyligen förvärvade Steve DeBerg under de tre matcher som Mitchell missade på grund av skada. Han gick kort in i en match vecka 14 mot New York Giants medan DeBerg fick stygn i ansiktet. Mitchell återvände som Dolphins startspelare efter vecka 15, och Pederson släpptes till förmån för backupen DeBerg och den tredje quarterbacken Hugh Millen den 16 december 1993. Pederson skrev på nytt på kontrakt med Dolphins den 16 april 1994, efter att säsongen avslutats. Han tillbringade hela säsongen 1994 på Dolphins aktiva lista som tredje quarterback bakom Marino och Bernie Kosar. Den 15 februari 1995 valdes Pederson av Carolina Panthers i den tjugoandra rundan av NFL Expansion Draft, efter att ha placerats på Dolphins lista över tillgängliga spelare den 19 januari, men släpptes den 24 maj 1995. Han återvände till World League efter sin frigivning och spelade med Rhein Fire. Pederson skrev på nytt kontrakt med Dolphins igen i juni 1995. Efter att ha konkurrerat med Dan McGwire under hela träningslägret blev Pederson avskedad den 22 augusti 1995. Marino drabbades av en knäskada under en match vecka 6, så Pederson fick återigen kontrakt den 10 oktober för att fungera som tredje quarterback bakom Kosar och McGwire under de två följande matcherna. Han släpptes igen efter att Marino återvände för vecka 9 den 24 oktober.
Första tiden hos Packers
Pederson tränade för Green Bay Packers efter vecka 10 1995, på grund av en säsongsavslutande skada som reservspelaren Ty Detmer ådrog sig och en mindre skada som startspelaren Brett Favre ådrog sig. Tredje quarterback T. J. Rubley tvingades spela vecka 10 och kastade en interception som avgjorde matchen efter att ha kallat på en audible, vilket gick emot huvudtränaren Mike Holmgrens speluppdrag. Packers kontrakterade Bob Gagliano som tredje quarterback för veckorna 11 och 12. Pederson ersatte Gagliano som tredje quarterback när han skrev kontrakt med Packers den 22 november 1995. Packers tog Jim McMahon från Browns för att bli Favres backup före Pederson och Rubley den 29 november 1995. Rubley blev avskedad den 13 december, vilket lämnade McMahon och Pederson som Favres backups. Favre missade inga matcher, så Pederson fick inte se någon match för Packers 1995. Pederson fungerade som tredje quarterback bakom Favre och McMahon 1996 och spelade en match men förde ingen statistik. Han fick en Super Bowl-ring efter Packers seger över Patriots i Super Bowl XXXI. Han skrev på nytt kontrakt med Packers med ett tvåårskontrakt den 20 februari 1997. Pederson var återigen tredje quarterback under hela 1997 och backade upp Favre och Steve Bono. Pederson slog ut Rick Mirer för reservjobbet till Favre, samt det primära jobbet som placekick-hållare, under 1998. I en förlust vecka 5 mot Minnesota Vikings ersatte Pederson Favre under de sista fem minuterna av en förlustmatch och kastade två touchdowns i hans ställe. Pederson drabbades dock av en bruten käke som slog ut honom i lagets följande fyra matcher.
Philadelphia Eagles
Pederson skrev på ett treårskontrakt på 4,5 miljoner dollar med Philadelphia Eagles den 18 februari 1999, för att bli lagets startande quarterback under den nya huvudtränaren Andy Reid, som var Pedersons quarterbackscoach i Green Bay 1997 till 1998. Eagles draftade Donovan McNabb med det andra valet i NFL Draft 1999 i april 1999, och Reid sa att Pederson skulle förbli startspelare tills McNabb var redo att spela. Under sina nio starter för Eagles hade Pederson ett resultat på 2-7, en avslutningsfrekvens på 51,6 %, 1 168 passing yards, sex touchdowns och nio interceptions. I sin första start i karriären, en match vecka 1 mot Arizona Cardinals, kastade Pederson två touchdowns i den första quartern och bidrog till att ge Eagles en 21-0-ledning. Cardinals kom dock tillbaka och vann matchen på ett field goal när tiden gick ut, 25-24. Pederson gick 12 av 25 för 91 yards och två touchdowns i matchen. McNabb ersatte Pederson, som drabbats av en blåslagen kastskuldra, efter en halvlek i en förlust vecka 2 mot Tampa Bay Buccaneers, där Pederson gick 12 av 19 för 100 yards och en interception. Pederson startade i vecka 3 i en förlust med utklassning (26-0) mot Buffalo Bills, där han gick 14 av 26 för 137 yards och två förlorade fumbles, innan han återigen ersattes av McNabb i den fjärde quartern. I en förlust vecka 4 mot New York Giants gick Pederson 6 av 15 för 75 yards och två interceptions innan han ersattes av McNabb efter halvtid. Pedersons första NFL-seger kom vecka 5 i en match mot Dallas Cowboys. Han spelade hela matchen och gick 11 av 29 för 145 yards, en touchdown och en interception. Pederson spelade hela de tre följande matcherna och gjorde 1-2 poäng samtidigt som han kastade tre touchdowns och tre interceptions. I sin sista start som Eagle blev Pederson bänkad i halvtid i en match vecka 9 mot Carolina Panthers efter att ha gjort 3 av 9 för 28 yards och legat under med 23-0. Han fick inte spela som quarterback igen förrän i en match vecka 14 mot Cowboys där McNabb skadade sig i den fjärde quartern. Pederson gick 8 av 12 för 108 yards och en touchdown i förlusten, och Koy Detmer fick starta framför honom i vecka 15 då McNabb fortfarande var skadad. Efter att ha tillbringat nästa säsongs träningsläger med laget släppte Eagles Pederson den 28 augusti 2000.
Cleveland Browns
Pederson övervägde att gå i pension efter att ha släppts av Eagles, men skrev istället på ett tvåårskontrakt med Cleveland Browns den 2 september 2000. Browns backup, Ty Detmer, drabbades av en skada som tog slut på säsongen och Browns behövde en backup quarterback till startspelaren Tim Couch. Detta var andra gången i Pedersons karriär som han fick kontrakt för att ersätta en skadad Ty Detmer. Pederson började som tredje quarterback bakom Couch och Spergon Wynn, tills Couch drabbades av en säsongsavslutande skada i vecka 7. Pederson startade de följande sex matcherna, med ett resultat på 1-5. I en match vecka 13 mot Baltimore Ravens slogs han ut ur matchen med blåslagna revben och ersattes av Wynn. Wynn startade nästa vecka mot Jacksonville Jaguars, men han drabbades av en säsongsavslutande skada och Pederson ersatte honom. Pederson återvände för säsongens två sista matcher och förlorade båda, inklusive en 35-24-förlust mot sitt tidigare lag Eagles och en 24-0-förlust mot Tennessee Titans. Pederson blev avskedad efter säsongen den 22 februari 2001.
Green Bay Packers (andra gången)
Packers skrev på nytt ett ettårskontrakt med Pederson den 13 mars 2001 för att ersätta backup Matt Hasselbeck, som byttes till Seattle Seahawks. Pederson var primär backup till Favre under hela säsongen 2001, och var den primära placekickhållaren i varje match. Han skrev på nytt ett ettårskontrakt på 650 000 dollar med Packers den 2 april 2002. Pederson var återigen reservquarterback och primär hållare i alla 16 matcher 2002. I en match vecka 7 mot Washington Redskins fick Favre ett stukat knä och Pederson tog de flesta av bytena i andra halvlek och gick 9 av 15 för 78 yards för att hjälpa till att vinna matchen med 30-9. Pederson spelade även i matcher mot Miami Dolphins, Detroit Lions och New York Jets. Han skrev på nytt kontrakt med Packers med ett ettårskontrakt på 750 000 dollar den 29 april 2003. För tredje säsongen i rad backade Pederson Favre i samtliga 16 matcher och höll i placekicks. Han slutförde båda sina passningar under den ordinarie säsongen för totalt 16 yards. Packers skrev på nytt ett ettårskontrakt med Pederson den 28 april 2004. Tim Couch kontrakterades för att konkurrera om jobbet som reservquarterback, men förlorade mot Pederson och släpptes den 5 september 2004. I en match under vecka 3 mot Indianapolis Colts ersatte Pederson Favre i en förlust som var en stor förlust och gick 4 av 6 för 34 yards och en interception. Veckan därpå, en match vecka 4 mot New York Giants, drabbades Favre av en hjärnskakning i den tredje quartern och Pederson ersatte honom som quarterback. Pederson gick 7 av 17 för 86 yards och en interception i förlusten innan han drabbades av en smäll mot sidan i den tredje quartern som resulterade i ett sprucket ben i ryggen, en riven muskel i sidan och ett brutet revben. Han stannade kvar i matchen fram till sista snap, då han ersattes av den tredje quarterbacken Craig Nall. Pederson placerades på den skadade reserven den 7 oktober, vilket avslutade hans säsong. Han drog sig tillbaka i mars 2005 för att bli huvudtränare vid Calvary Baptist Academy.