Likt Indien blev Pakistan självständigt som en dominion inom Samväldet i augusti 1947. Ledarna för Muslimska förbundet avvisade dock att Lord Mountbatten, den siste brittiske vicekungen i Indien, skulle bli Pakistans första generalguvernör, eller statschef – i motsats till kongressen, som gjorde honom till Indiens verkställande direktör. Pakistanarna var försiktiga med Storbritanniens intriger och ville belöna Jinnah – deras ”store ledare” (Quaid-e Azam), en titel som han fick före självständigheten – och gjorde honom till generalguvernör; hans löjtnant i partiet, Liaquat Ali Khan, utsågs till premiärminister. Pakistans första regering hade dock en svår uppgift framför sig. Till skillnad från Muhammad Iqbals tidigare vision för Pakistan hade landet bildats av de två regioner där muslimerna var i majoritet – den nordvästra delen som han hade förespråkat och territorierna och den östra delen av provinsen Bengalen (som i sin tur också hade delats mellan Indien och Pakistan). Pakistans två flyglar var därför åtskilda av cirka 1 600 km suveränt indiskt territorium utan några enkla kommunikationsvägar mellan dem. Den nya pakistanska regeringens arbete komplicerades ytterligare av insikten om att Brittiska Indiens rikedomar och resurser hade tilldelats Indien. Pakistan hade inte mycket annat än rå entusiasm att stödja sig på, särskilt under de månader som följde omedelbart efter delningen. Pakistans överlevnad tycktes faktiskt hängas i vågskålen. Av alla de välorganiserade provinserna i Brittiska Indien var det bara de jämförelsevis efterblivna områdena Sind, Balochistan och den nordvästra gränsprovinsen som kom intakta till Pakistan. De annars mer utvecklade provinserna Punjab och Bengalen delades, och när det gäller Bengalen fick Pakistan inte mycket mer än den tätbefolkade landsbygdens inland.
Till dilemmat för den nya och oprövade pakistanska regeringen bidrog krisen i Kashmir, som provocerade fram ett krig mellan de två grannstaterna under den period som följde omedelbart efter deras självständighet. Både Pakistan och Indien hade för avsikt att göra Kashmir till en del av sina respektive unioner, och den före detta furstestaten blev snabbt ett omtvistat territorium – där Indien och Pakistan kontrollerade delar av det – och en brännpunkt för framtida konflikter. Ekonomiskt sett var situationen i Pakistan desperat; material från de indiska fabrikerna var avskurna från Pakistan, vilket störde det nya landets magra industri, handel och jordbruk. Dessutom hade karaktären av delningen och dess efterdyningar orsakat miljontals flyktingars flykt på båda sidor av skiljelinjen, tillsammans med fruktansvärda massakrer. Utvandringen av ett så stort antal desperata människor i båda riktningarna krävde ett brådskande svar, vilket inget av länderna var berett att hantera, allra minst Pakistan.
Som en följd av det olösta kriget i Kashmir och det kommunala blodbadet på gatorna i båda länderna kom Indien och Pakistan att betrakta varandra som sina dödliga fiender. Pakistanierna hade räknat med en uppdelning av Indiens materiella, finansiella och militära tillgångar. I själva verket skulle det inte bli någon. New Delhi visade ingen avsikt att dela upp Brittiska Indiens tillgångar med sin största motståndare och på så sätt skapa en balans mellan de två länderna. Dessutom innebar Indiens överlägsna geopolitiska ställning och, viktigast av allt, dess kontroll över de viktiga floder som flöt in i Pakistan att det muslimska landets vattenförsörjning var utlämnad åt sin större, fientliga granne. Pakistans tillstånd var så prekärt efter självständigheten att många observatörer trodde att landet knappast skulle överleva sex månader och att Indiens mål om en enad subkontinent förblev en klar möjlighet.