1947 hittas Mary Lennox övergiven i sitt hem i Brittiska Indien, hennes föräldrar har dött i kolera och hon glöms bort i delningens turbulens. Mary skickas till sin farbror, Lord Archibald Cravens herrgård Misselthwaite Manor i Yorkshire, England. Hon är en otrevlig, otrevlig ung flicka som har varit tvungen att undertrycka sina egna känslor under sin uppväxt i Raj.
När hon anländer träffar hon Mrs Medlock, en sträng och bestämd dam som är Lord Cravens hushållerska. Mary instrueras att inte utforska huset och är instängd i sitt rum på natten. Där träffar hon Martha, en tjänare som är orolig för hennes krav.
Mary får tillåtelse att lämna huset för att utforska godset och skogarna i närheten och snubblar över en herrelös hund som hon döper till Jemima. Senare på kvällen hör hon små skrik och jämmer i korridorerna och finner bara Lord Cravens sängliggande son Colin Craven.
Dagen därpå träffar Mary Lord Craven i hans arbetsrum och han säger till henne att hon inte ska ställa till med några problem. Mary fortsätter att utforska genom skogen och hittar en gömd trädgård genom att klättra uppför en vägg. Senare, på vägen hem, ropar hon på Marthas bror Dickon som försvinner i mossens dimma. Senare hittar hon Jemimas ben som fastnat i en fälla. Hon hjälper Jemima och befriar henne från fällan men hunden springer iväg in i trädgården. Så Mary fortsätter att utforska.
Mary guidas sedan av en Robin till en stenstaty i trädgården som har en nyckel till trädgården inom sig. Hon lämnar trädgården när Mrs Medlock ropar efter henne. Tillbaka på godset träffar Mary Colin igen när han talar om att han har en puckelrygg och att han inte kan gå. Hon berättar för honom om trädgården på godset men Colin är ointresserad. När hon snokar runt senare hittar hon ett rum med bilder på både Marys mor och Grace Craven och hon tar en souvenir, ett pärlhalsband.
Dagen därpå återvänder Mary till trädgården och hittar Dickon som erbjuder sig att hjälpa till att läka Jemima. Mary tar sedan Colin i sin rullstol för första gången till samma rum som hans mors bilder och klänningar. Både Mary och Dickon kläcker en plan för att ta med Colin till trädgården i hopp om att läka hans orörlighet, men när de återvänder konfronterar mrs Medlock Mary för att ha stulit pärlhalsbandet och hon straffas genom att skrivas in på en internatskola. Senare hittar Mary, som är instängd och inlåst i sitt rum, brev mellan sin mor och moster i en gunghäst. Hon övertalar Colin att läsa dem och de tre fortsätter att läsa brev i trädgården.
En deprimerad och distraherad Lord Craven sätter eld på skrivbordet när han tänder ett ljus. Nästa morgon är Mary, Dickon och Colin i trädgården när de ser svart rök komma från huset. Colin övertalar Mary och Dickon att springa för att kolla upp det. Mary går in i det brinnande huset och finner mr Craven som desperat letar efter sin son i branden. Hon försöker förgäves övertala honom att fly eftersom hans son är säker utanför, men han gör motstånd tills spöket av hans fru guidar dem ut i säkerhet när brandkåren anländer. En orolig Lord Craven och Mrs Medlock följer med Mary och Dickon till Colin i den hemliga trädgården. Lord Craven ser med häpnad på sin sons rörlighet när de återupplivar sitt förhållande.
Filmen slutar med Lord Craven som återuppbygger egendomen och Mary, Dickon och Colin som har roligt i den hemliga trädgården.