Polisen började leta efter Brian på Ugly Tuna, den bar där han senast hade setts. Eftersom området runt South Campus Gateway var något utsatt med hög brottslighet hade baren installerat övervakningskameror. De gick igenom filmerna, där Brain, Florence och Reed kunde ses gå uppför en rulltrappa till barens huvudentré klockan 1:15. Brian sågs utanför baren omkring klockan 13.55, fyrtio minuter efter att han kommit in, och pratade kort med två unga kvinnor och tog farväl. Han försvann från kamerans sökare och gick till trappan som leder upp till baren, uppenbarligen för att gå in igen. Men kameran registrerade inte när han lämnade baren kort därefter när den stängde.
Undersökarna insåg att det var möjligt att han kunde ha bytt kläder i baren eller tagit på sig en keps och, med huvudet nedåt, kringgått kameran och dolt sitt ansikte. Utredarna trodde att han kan ha lämnat stället genom en annan dörr. Dörren var dock endast avsedd för serviceändamål och fick inte användas av allmänheten, utom i nödsituationer. Området där utgången sedan ledde till en byggarbetsplats som poliserna tyckte var svårt att gå igenom i normalt tillstånd, för att inte säga i berusat tillstånd efter att ha lämnat en supkväll.
Med tanke på att Columbus har flest övervakningskameror av alla städer i Ohio, fler än Cleveland, Cincinnati och Toledo tillsammans, kontrollerade poliserna filmer från andra barer för att se om dessa kameror kunde förklara hur Brian hade lämnat supkrogen. Bilder från kameror på tre andra barer i närheten visade dock inga spår av Brian.
Sökandet började spridas från Ugly Tuna och poliser, ibland tillsammans med polishundar, tittade noga på gatan, inspekterade papperskorgar och frågade invånarna om de hade sett honom. Affischer och sidor med Brians bild visades upp runt om i staden och som ett tecken på hans identitet angavs en tatuering på hans högra överarm av ikonen på singeln Alive av bandet Pearl Jam, som han var ett fan av. Polisen övertalade till och med staden att låta dem gå in i avloppssystemet och söka där. Ingen användbar information kunde hittas. I Brians lägenhet på King Avenue stod hans bil fortfarande parkerad utanför. Och inne i lägenheten verkade ingenting vara fel.
Efter att ha letat i flera kilometer från baren i alla riktningar började polisen överväga andra möjligheter än en olycka eller ett brott. Eftersom hans mor nyligen hade dött spekulerades det om att han hade rest bort tillfälligt för att sörja i ensamhet. Hennes försvinnande visade sig dock vara permanent. Inga uppenbara orsaker till hans frivilliga försvinnande framkom.
De som hade sett Brian den kvällen, inklusive hans far, ombads att göra lögndetekteringstester. Reed och Randy Shaffer klarade sina, liksom alla andra, medan Florence vägrade. De två kvinnor som Brian senast sågs prata med identifierades senare. De vittnade 2009 om att de inte blev ombedda att ta en lögndetektor.
Brian Shaffer ville ha en affisch.
Waggoner ringde till Brians telefon varje kväll före sänggåendet långt efter försvinnandet. Han brukade lämna meddelanden på röstbrevlådan, men en kväll i september ringde den tre gånger. ”Jag fortsatte att ringa för att lyssna på den, helt enkelt för att det var ett av de bästa ljuden jag någonsin hört, även om ingen svarade”, skrev han på sin MySpace-sida. Cingular, Brians trådlösa leverantör, sa att det som Waggoner hörde kan ha berott på ett datorfel. Ett ping från telefonen upptäcktes vid en mobilmast i Hilliard, 23 km nordväst om Columbus.
Polisen fick många tips, men inget av dem ledde till några större genombrott i fallet. Vid en Pearl Jam-konsert senare samma år i Cincinnati tog sångaren Eddie Vedder tid mellan låtarna för att be om tips om Brians försvinnande, men ingen av dem hjälpte heller. Möjliga observationer i Michigan, Texas och till och med Sverige undersöktes.
Randy Shaffer fortsatte sökandet efter sin son på egen hand. Ett medium som hon konsulterade berättade för henne att Brians kropp låg i vattnet nära en bropir. Han och Brians bror Derek, tillsammans med andra medborgare som hade intresserat sig för fallet, köpte vadarbyxor och tillbringade en stor del av sin fritid längs Olentangy-flodens stränder, som rinner genom Columbus i anslutning till universitetets campus, och sökte förgäves efter kroppen i närheten av broarna. Den möjligheten ledde också till att polisen kortvarigt övervägde den mycket omdiskuterade teorin att det var den seriemördare som kallas Smiley Face som mördade. Brian Shaffer skulle enligt denna teori vara mördarens enda offer vars kropp ännu inte hittats. Polisen i Columbus förkastade i slutändan alla kopplingar till den påstådda mördaren i Brians fall och följde de flesta brottsbekämpande myndigheter, inklusive FBI, som utredde honom.
I september 2008, under en svår storm i centrala Ohio, dödades Randy Shaffer, som befann sig på bakgården till sitt hem i Baltimore, av en gren som lossnade i vindstyrkan och dödligt träffade honom. Grannar hittade hans kropp nästa morgon och ringde polisen.
När hans dödsannons publicerades på nätet publicerades ett kondoleansavsnitt. En av namnteckningarna på det var ”To Dad, with love, Brian” (till pappa, med kärlek, Brian) och kom från de amerikanska Jungfruöarna. Detta tyder på att Brian kan ha lämnat Columbus för ett nytt liv någon annanstans. Efter ytterligare undersökningar visade det sig dock att meddelandet hade postats från en allmänt tillgänglig dator i Franklin County och att det bara var ett skämt.