Ca și India, Pakistanul a obținut independența ca dominion în cadrul Commonwealth-ului în august 1947. Cu toate acestea, liderii Ligii Musulmane l-au respins pe lordul Mountbatten, ultimul vicerege britanic al Indiei, pentru a fi primul guvernator general, sau șef de stat al Pakistanului – spre deosebire de Congres, care l-a numit șef al executivului indian. Feriți de mașinațiunile Marii Britanii și dornici să îl recompenseze pe Jinnah – „Marele lor lider” (Quaid-e Azam), titlu care i-a fost acordat înainte de independență – pakistanezii l-au numit guvernator general; locotenentul său în partid, Liaquat Ali Khan, a fost numit prim-ministru. Cu toate acestea, primul guvern pakistanez a avut o sarcină dificilă în fața sa. Spre deosebire de viziunea anterioară a lui Muhammad Iqbal cu privire la Pakistan, țara fusese formată din cele două regiuni în care musulmanii erau majoritari – porțiunea de nord-vest, pe care el o adoptase, și teritoriile și regiunea estică a provinciei Bengal (care la rândul ei fusese împărțită între India și Pakistan). Prin urmare, cele două aripi ale Pakistanului erau separate de aproximativ 1.600 km de teritoriu indian suveran și nu existau căi simple de comunicare între ele. Ceea ce a complicat și mai mult activitatea noului guvern pakistanez a fost conștientizarea faptului că bogățiile și resursele Indiei britanice fuseseră acordate Indiei. Pakistanul nu avea decât entuziasm brut pentru a-l susține, mai ales în lunile imediat următoare partiției. De fapt, supraviețuirea Pakistanului părea să atârne în balanță. Dintre toate provinciile bine organizate ale Indiei britanice, doar zonele relativ înapoiate din Sind, Balochistan și Provincia Frontierei de Nord-Vest au ajuns intacte în Pakistan. Provinciile de altfel mai dezvoltate ale Punjabului și Bengalului au fost împărțite și, în cazul Bengalului, Pakistanul a primit puțin mai mult decât hinterlandul rural dens populat.
La dilema noului și neexperimentatului guvern pakistanez s-a adăugat criza din Kashmir, care a provocat un război între cele două state vecine în perioada imediat următoare independenței lor. Atât Pakistanul, cât și India intenționau să facă din Kashmir o componentă a uniunilor lor respective, iar fostul stat princiar a devenit rapid un teritoriu disputat – cu India și Pakistanul controlând porțiuni din el – și un punct de foc pentru conflicte viitoare. Din punct de vedere economic, situația din Pakistan era disperată; materialele din fabricile indiene au fost izolate de Pakistan, perturbând industria, comerțul și agricultura sărace ale noii țări. Mai mult decât atât, caracterul partiției și consecințele acesteia au provocat fuga a milioane de refugiați de ambele părți ale diviziunii, însoțită de masacre teribile. Exodul unui număr atât de mare de oameni disperați în fiecare direcție a necesitat un răspuns urgent, pe care niciuna dintre țări nu era pregătită să îl gestioneze, cu atât mai puțin Pakistanul.
Ca o consecință a războiului nerezolvat din Kashmir și a vărsării de sânge comunal pe străzile ambelor țări, India și Pakistanul au ajuns să o considere fiecare pe cealaltă ca fiind dușmanul său de moarte. Pakistanezii au anticipat o împărțire a bunurilor materiale, financiare și militare ale Indiei. De fapt, nu ar fi existat niciuna. New Delhi nu a manifestat nicio intenție de a împărți bunurile Indiei britanice cu principalul său adversar, stabilind astfel un echilibru între cele două țări. Mai mult decât atât, poziția geopolitică superioară a Indiei și, cel mai important, controlul pe care îl deținea asupra râurilor vitale care se scurgeau în Pakistan însemna că rezervele de apă ale țării musulmane se aflau la mila vecinului său mai mare și ostil. Condiția Pakistanului era atât de precară după independență încât mulți observatori credeau că țara abia ar putea supraviețui șase luni și că obiectivul Indiei de a unifica subcontinentul rămânea o posibilitate clară.
.