În 1947, Mary Lennox este găsită abandonată în casa ei din India britanică, părinții ei murind de holeră și fiind uitată în tumultul partiției. Mary este trimisă la conacul Misselthwaite Manor din Yorkshire, Anglia, al unchiului ei, Lord Archibald Craven. Este o tânără neplăcută și neprietenoasă, care a fost nevoită să-și reprime propriile emoții în timp ce creștea în Raj.
La sosire, o cunoaște pe doamna Medlock, o doamnă strictă și fermă care este menajera Lordului Craven. Mary este instruită să nu exploreze casa și este închisă în camera ei pe timp de noapte. Acolo, o întâlnește pe Martha, o servitoare care este neliniștită de cerințele ei.
Mary este lăsată să i se permită să iasă din casă pentru a explora domeniul și pădurile din apropiere și dă peste un câine vagabond pe care îl numește Jemima. Mai târziu, în acea noapte, ea aude țipete și tânguiri mici pe coridoare, doar pentru a-l găsi pe fiul Lordului Craven imobilizat la pat, Colin Craven.
A doua zi, Mary se întâlnește cu Lordul Craven în biroul său și el îi spune să nu facă probleme. Mary continuă să exploreze prin pădure și găsește o grădină ascunsă prin escaladarea unui zid. Mai târziu, în drum spre casă, ea îl strigă pe fratele Marthei, Dickon, care dispare în ceața mlaștinii. Mai târziu, ea găsește piciorul Jemimei prins într-o capcană. O ajută pe Jemima, eliberând-o din capcană, dar câinele fuge în grădină. Astfel, Mary continuă să exploreze.
Mary este apoi ghidată de un Robin până la o statuie de piatră din grădină care are în ea cheia grădinii. Ea părăsește grădina când doamna Medlock o strigă. Înapoi la moșie, Mary se întâlnește din nou cu Colin în timp ce acesta vorbește despre faptul că are o cocoașă și că nu poate merge. Ea îi vorbește despre grădina de la proprietate, dar Colin nu este interesat. Cotrobăind mai târziu, găsește o cameră cu fotografii atât ale mamei lui Mary, cât și ale lui Grace Craven, și ia un suvenir, un colier de perle.
A doua zi, Mary se întoarce în grădină pentru a-l găsi pe Dickon, care se oferă să o ajute să o vindece pe Jemima. Mary îl aduce apoi pentru prima dată pe Colin în scaunul său cu rotile în aceeași cameră cu pozele și rochiile mamei sale. Atât Mary, cât și Dickon pun la cale un plan pentru a-l aduce pe Colin în grădină, în speranța de a-i vindeca imobilitatea, dar, la întoarcere, doamna Medlock o confruntă pe Mary pentru furtul colierului de perle și este pedepsită prin înscrierea la un internat. Mai târziu, izolată și închisă în camera ei, Mary găsește scrisori între mama și mătușa ei într-un balansoar. Ea îl convinge pe Colin să le citească și cei trei continuă să citească scrisori în grădină.
Un Lord Craven deprimat și distrat, în timp ce aprinde o lumânare, dă foc la birou. În dimineața următoare, Mary, Dickon și Colin se află în grădină când văd fum negru care vine dinspre casă. Colin îi convinge pe Mary și Dickon să alerge să verifice. Mary intră în casa în flăcări și îl găsește pe domnul Craven căutându-și frenetic fiul în foc. Ea încearcă în zadar să-l convingă să scape, deoarece fiul său este în siguranță afară, dar el se împotrivește până când fantoma soției sale îi conduce afară în siguranță, în timp ce sosește brigada de pompieri. Un Lord Craven neliniștit și doamna Medlock merg cu Mary și Dickon la Colin în grădina secretă. Lordul Craven privește cu admirație la mobilitatea fiului său în timp ce își reîncep relația.
Filmul se încheie cu Lordul Craven reconstruind moșia și cu Mary, Dickon și Colin distrându-se în grădina secretă.
.