Poliția a început să-l caute pe Brian la Ugly Tuna, barul în care fusese văzut ultima dată. Deoarece zona din jurul South Campus Gateway era oarecum degradată, cu o rată ridicată a criminalității, barul a instalat camere de supraveghere. Aceștia au revăzut imaginile, în care Brain, Florence și Reed puteau fi văzuți urcând pe o scară rulantă spre intrarea principală a barului la ora 1:15 a.m. Brian a fost văzut în afara barului în jurul orei 1:55, la patruzeci de minute după ce a intrat, vorbind pentru scurt timp cu două tinere și luându-și la revedere. A dispărut din vizorul aparatului de fotografiat și s-a îndreptat spre scările care duc spre bar, aparent pentru a se întoarce înăuntru. Dar camera nu l-a înregistrat plecând la scurt timp după aceea, când barul s-a închis.
Investigatorii și-au dat seama că este posibil ca el să se fi schimbat în bar sau să își fi pus o șapcă și, cu capul plecat, să fi ocolit camera și să își ascundă fața. Anchetatorii au crezut că acesta ar fi ieșit pe o altă ușă a localului. Cu toate acestea, ușa respectivă era destinată exclusiv serviciului, nefiind folosită de public, cu excepția situațiilor de urgență. Zona spre care ieșea apoi ducea spre un șantier de construcții pe care ofițerii au considerat că era dificil de parcurs într-o stare normală, ca să nu mai spunem în stare de ebrietate după ce a ieșit dintr-o noapte de beție.
Din moment ce Columbus are cele mai multe camere de supraveghere dintre toate orașele din Ohio, mai multe decât Cleveland, Cincinnati și Toledo la un loc, ofițerii au verificat imaginile de la alte baruri pentru a vedea dacă aceste camere ar putea explica modul în care Brian a părăsit barul de băutură. Cu toate acestea, imaginile de la camerele de luat vederi de la alte trei baruri din apropiere nu au arătat nicio urmă de Brian.
Cercetarea a început să se extindă de la Ugly Tuna, cu ofițeri, uneori însoțiți de câini polițiști, care se uitau atent pe stradă, inspectau coșurile de gunoi și întrebau locuitorii dacă l-au văzut. Afișe și pagini cu imaginea lui Brian au fost afișate în tot orașul, citând ca semn de identitate un tatuaj pe brațul drept superior al acestuia cu icoana single-ului Alive al trupei Pearl Jam, de care era fan. Poliția a convins chiar și primăria să îi lase să intre în sistemul de canalizare și să caute acolo. Nu a fost descoperită nicio informație utilă. La apartamentul lui Brian de pe King Avenue, mașina sa era încă parcată afară. Iar în interiorul apartamentului, nimic nu părea să fie în neregulă.
După ce au căutat la kilometri distanță de bar, în toate direcțiile, poliția a început să ia în calcul alte posibilități decât un accident sau un joc murdar. Întrucât mama sa murise de curând, s-a speculat că ar fi plecat temporar să jelească în singurătate. Cu toate acestea, dispariția ei s-a dovedit a fi permanentă. Nu au apărut motive evidente pentru dispariția sa voluntară.
Cei care l-au văzut pe Brian în acea noapte, inclusiv tatăl său, au fost rugați să facă teste de detectare a minciunilor. Reed și Randy Shaffer le-au trecut pe ale lor, la fel ca toți ceilalți, în timp ce Florence a refuzat. Cele două femei cu care Brian a fost văzut ultima dată vorbind au fost identificate ulterior. Ei au declarat în 2009 că nu li s-a cerut să se supună unui poligraf.
Waggoner ar fi sunat la telefonul lui Brian în fiecare seară înainte de culcare, mult timp după dispariție. De obicei lăsa mesaje pe căsuța vocală, dar într-o noapte din septembrie a sunat de trei ori. „L-am tot sunat pentru a-l asculta pur și simplu pentru că era unul dintre cele mai bune sunete pe care le auzisem vreodată, chiar dacă nu răspundea nimeni”, a scris el pe pagina sa de MySpace. Cingular, furnizorul de servicii wireless al lui Brian, a declarat că ceea ce a auzit Waggoner s-ar putea să se fi datorat unei erori de calculator. Un ping de la telefon a fost detectat la un turn de telefonie mobilă din Hilliard, la 23 km nord-vest de Columbus.
Poliția a primit multe ponturi, dintre care niciunul nu a dus la descoperiri majore în acest caz. La un concert al trupei Pearl Jam, care a avut loc mai târziu în acel an în Cincinnati, cântărețul Eddie Vedder și-a făcut timp între melodii pentru a cere sfaturi despre dispariția lui Brian, dar nici acestea nu au fost de ajutor. Au fost investigate posibile apariții în Michigan, Texas și chiar în Suedia.
Randy Shaffer a continuat căutarea fiului său pe cont propriu. Un medium pe care l-a consultat i-a spus că trupul lui Brian se afla în apă, în apropierea unui dig de pe un pod. El și fratele lui Brian, Derek, împreună cu alți cetățeni care se interesaseră de acest caz, au cumpărat vâsle și și-au petrecut o mare parte din timpul liber pe malurile râului Olentangy, care trece prin Columbus, adiacent campusului universitar, căutând în zadar cadavrul lângă poduri. Această posibilitate a determinat, de asemenea, poliția să ia în considerare pentru scurt timp teoria mult discutată a unei crime comise de criminalul în serie cunoscut sub numele de Smiley Face. Brian Shaffer, conform acestei teorii, ar fi singura victimă a criminalului al cărei cadavru nu a fost încă găsit. În cele din urmă, poliția din Columbus a respins orice legătură cu presupusul ucigaș în cazul lui Brian, urmând exemplul majorității agențiilor de aplicare a legii, inclusiv al FBI, care l-au investigat.
În septembrie 2008, în timpul unei furtuni puternice de vânt în centrul statului Ohio, Randy Shaffer, care se afla în curtea casei sale din Baltimore, a fost ucis de o creangă care s-a desprins din cauza forței vântului și l-a lovit mortal. Vecinii i-au găsit cadavrul în dimineața următoare și au sunat la poliție.
După ce necrologul său a fost postat online, a fost publicată o secțiune de condoleanțe. Una dintre semnăturile de pe ea scria „To Dad, with love, Brian”, provenind din Insulele Virgine Americane. Acest lucru sugerează că Brian ar fi părăsit Columbus pentru o nouă viață în altă parte. Cu toate acestea, în urma unor investigații suplimentare, s-a constatat că biletul fusese postat de pe un computer accesibil publicului din Franklin County și că era doar o glumă.
.