Em 1947, Mary Lennox é encontrada abandonada em sua casa na Índia britânica, seus pais morreram de cólera e ela é esquecida no tumulto da divisão. Mary é enviada a seu tio, Lord Archibald Craven’s Misselthwaite Manor, em Yorkshire, Inglaterra. Ela é uma jovem desagradável e pouco gentil que teve que reprimir suas próprias emoções enquanto crescia no Raj.
Upon chegando, ela conhece a Sra. Medlock, uma senhora rígida e firme que é a governanta do Lorde Craven. Mary é instruída a não explorar a casa e é confinada ao seu quarto à noite. Lá, ela encontra Martha, uma serva que está insegura com as suas exigências.
Mary pode deixar a casa para explorar a propriedade e os bosques próximos e tropeçar num cão vadio a quem ela dá o nome de Jemima. Mais tarde, nessa noite, ela ouve pequenos gritos e gemidos pelos corredores para encontrar o filho acamado de Lord Craven, Colin Craven.
No dia seguinte, Mary encontra Lord Craven no seu escritório e ele diz-lhe para não causar nenhum problema. Mary continua a explorar pela floresta e encontra um jardim escondido, escalando um muro. Mais tarde, a caminho de casa, ela chama o irmão de Martha, Dickon, que se desvanece dentro da névoa dos pântanos. Mais tarde, ela encontra a perna de Jemima presa em uma armadilha. Ela ajuda a Jemima, libertando-a da armadilha, mas o cão foge para o jardim. Então, Mary continua a explorar.
Mary é então guiada por um Robin até uma estátua de pedra dentro do jardim que tem uma chave para o jardim dentro dela. Ela deixa o jardim como a Sra. Medlock chama por ela. De volta à propriedade, Mary encontra-se novamente com Colin enquanto ele fala em ter um corcunda e não poder andar. Ela conta-lhe sobre o jardim na propriedade, mas Colin não está interessado. Bisbilhotando depois, ela encontra um quarto com fotos da mãe de Mary e de Grace Craven, e ela pega uma lembrança, um colar de pérolas.
No dia seguinte, Mary volta ao jardim para encontrar Dickon, que se oferece para ajudar a curar Jemima. Mary então traz Colin em sua cadeira de rodas pela primeira vez para o mesmo quarto com as fotos e vestidos de sua mãe. Tanto Mary como Dickon chocam um plano para trazer Colin ao jardim, na esperança de curar sua imobilidade, mas ao retornar, a Sra. Medlock enfrenta Mary por roubar o colar de pérolas e ela é punida com a inscrição em um colégio interno. Mais tarde, confinada e trancada em seu quarto, Mary encontra cartas entre sua mãe e sua tia em um cavalo de balanço. Ela persuade Colin a lê-las e as três continuam a ler cartas no jardim.
Um Lord Craven deprimido e distraído, enquanto acende uma vela, põe fogo na mesa. Na manhã seguinte, Maria, Dickon e Colin estão no jardim quando vêem fumaça preta vindo da casa. Colin convence Maria e Dickon a correrem para ver o que se passa. Mary entra na casa em chamas para encontrar o Sr. Craven freneticamente à procura do seu filho no incêndio. Ela tenta em vão convencê-lo a fugir, pois seu filho está seguro lá fora, mas ele resiste até que o fantasma de sua esposa os guie para fora em segurança quando os bombeiros chegam. Um ansioso Lorde Craven e a Sra. Medlock vão com Mary e Dickon para Colin no jardim secreto. Lorde Craven olha com admiração para a mobilidade do seu filho enquanto reacendem a sua relação.
O filme termina com Lord Craven a reconstruir a propriedade e Mary, Dickon e Colin a divertirem-se no jardim secreto.