Críticos do selo da Cidade de Southampton ignoraram outra discrepância significativa na imagem do Peregrino: Os ingleses que afirmavam que Southampton eram puritanos e não peregrinos. Southampton, como Southold, East Hampton, Oyster Bay e Huntington, foi estabelecido como um posto avançado da Colônia New Haven, que foi fundada pelos Puritanos John Davenport e Theophilus Eaton em 1638. Embora os peregrinos tenham por vezes sido descritos como puritanos extremos, a sua história na América indica diferenças substanciais entre os dois.
Pilgrims eram separatistas que primeiro se estabeleceram em Plymouth, Mass., em 1620 e mais tarde estabeleceram postos de comércio no rio Kennebec no Maine, no Cape Cod e perto de Windsor, Conn. Os puritanos eram não-separatistas que, em 1630, se juntaram à migração para estabelecer a Colónia da Baía de Massachusetts. Dentro de 10 anos os puritanos estabeleceram a maior parte de Massachusetts, Connecticut e áreas de Long Island.
Os separatistas da Pilgrim rejeitaram a Igreja da Inglaterra e os remanescentes do catolicismo que a Igreja da Inglaterra representava. Os puritanos não-separtistas, embora igualmente fervorosos em suas convicções religiosas, estavam comprometidos com a reforma da Igreja da Inglaterra e a restauração da sociedade cristã primitiva.
As considerações práticas da colonização e a vasta extensão do oceano entre a Inglaterra e a América eventualmente modificaram as diferenças entre os Peregrinos e os Puritanos no Novo Mundo. Em 1691 Plymouth foi incorporada à Colônia da Baía de Massachusetts.