A zona de células T (bainha periarteriolar) e os folículos de células B contêm populações discretas de macrófagos; no entanto, não se sabe muito sobre estas populações de macrófagos em termos da sua origem e tempo de vida. Estes macrófagos não são exclusivos do baço, mas constituem uma parte integrante das partes linfóides de todos os órgãos linfóides secundários.
Nos folículos de células B, os macrófagos são importantes para limpar as células apoptóticas B que ocorrem durante a reacção do centro germinal no processo de hipermutação somática e de mudança de isótipo. As células B que não podem formar os seus receptores apropriados morrerão de apoptose e são subsequentemente limpas pelos macrófagos no centro germinal. Durante reacções centrais germinais intensivas, este processo é óbvio devido à presença dos grandes macrófagos no centro germinal, conhecidos como macrófagos tingíveis do corpo. (Eles são chamados assim porque seus ‘corpos tingíveis’ representam núcleos apoptóticos condensados). Para que as células apoptóticas sejam absorvidas pelos macrófagos, é importante que a fosfatidilserina seja expressa na superfície externa das células apoptóticas, que é reconhecida por múltiplos receptores. Os macrófagos corporais tangíveis expressam: tirosina quinase Mer, o glóbulo de gordura de leite fator de crescimento epidérmico 8 e Tim-4, todos os quais suportam o engolfamento das células apoptóticas nos macrófagos.
Macrófagos também estão presentes na área da célula T da polpa branca, mas seu papel é menos bem compreendido. Esta população de macrófagos pode ser encontrada em todas as outras zonas de células T dos órgãos linfóides secundários. É possível que estes macrófagos sejam descendentes de monócitos de patrulha que entraram na polpa branca a partir do sangue. Devido ao seu posicionamento ao lado das células T, sugere-se que estes macrófagos tenham um papel na apresentação do antigénio ou na remoção dos linfócitos moribundos.