Como a Índia, o Paquistão alcançou a independência como um domínio dentro da Commonwealth em agosto de 1947. No entanto, os líderes da Liga Muçulmana rejeitaram Lord Mountbatten, o último vice-rei britânico da Índia, para ser o primeiro governador-geral do Paquistão, ou chefe de estado – em contraste com o Congresso, que o tornou o chefe executivo da Índia. Desconfiado das maquinações britânicas e desejoso de recompensar Jinnah – seu “Grande Líder” (Quaid-e Azam), título que lhe foi dado antes da independência – os paquistaneses fizeram dele seu governador-geral; seu tenente no partido, Liaquat Ali Khan, foi nomeado primeiro-ministro. O primeiro governo do Paquistão, no entanto, teve uma tarefa difícil antes dele. Ao contrário da visão anterior de Muhammad Iqbal para o Paquistão, o país tinha sido formado a partir das duas regiões onde os muçulmanos eram a maioria – a parte noroeste que ele tinha abraçado e os territórios e a região oriental da província de Bengala (que também tinha sido dividida entre a Índia e o Paquistão). As duas asas do Paquistão, portanto, estavam separadas por cerca de 1.000 milhas (1.600 km) de território soberano indiano, sem simples rotas de comunicação entre elas. Mais complicando o trabalho do novo governo paquistanês foi a constatação de que a riqueza e os recursos da Índia britânica tinham sido concedidos à Índia. O Paquistão tinha pouco mas um entusiasmo crú para sustentá-la, especialmente durante aqueles meses imediatamente após a partição. Na verdade, a sobrevivência do Paquistão parecia estar em suspenso. De todas as províncias bem organizadas da Índia Britânica, apenas as áreas relativamente atrasadas de Sind, Balochistan e a província da Fronteira Noroeste chegaram intactas ao Paquistão. As províncias mais desenvolvidas de Punjab e Bengala foram divididas e, no caso de Bengala, o Paquistão recebeu pouco mais do que o interior rural densamente povoado.
Adicionando ao dilema do novo e não testado governo paquistanês estava a crise em Caxemira, que provocou uma guerra entre os dois estados vizinhos no período imediatamente a seguir à sua independência. Tanto o Paquistão como a Índia pretendiam fazer da Caxemira uma componente dos seus respectivos sindicatos, e o antigo principado tornou-se rapidamente um território disputado – com a Índia e o Paquistão a controlarem partes do mesmo – e um ponto de inflamação para futuros conflitos. Economicamente, a situação no Paquistão era desesperada; materiais das fábricas indianas foram cortados do Paquistão, perturbando a escassa indústria, o comércio e a agricultura do novo país. Além disso, o caráter da divisão e suas consequências tinham causado a fuga de milhões de refugiados de ambos os lados da divisão, acompanhados de terríveis massacres. O êxodo de um número tão grande de pessoas desesperadas em cada direção exigiu uma resposta urgente, que nenhum dos países estava preparado para gerir, muito menos o Paquistão.
Como consequência da guerra não resolvida em Caxemira e da sangria comunitária nas ruas de ambos os países, a Índia e o Paquistão vieram a ver o outro como seu inimigo mortal. Os paquistaneses tinham antecipado uma divisão dos bens materiais, financeiros e militares da Índia. Na verdade, não haveria nenhuma. Nova Deli não mostrou intenção de dividir os ativos da Índia Britânica com seu maior adversário, estabelecendo assim um equilíbrio entre os dois países. Além disso, a posição geopolítica superior da Índia e, mais importante, seu controle dos rios vitais que corriam para o Paquistão significava que as reservas de água do país muçulmano estavam à mercê de seu vizinho maior e hostil. A condição do Paquistão era tão precária após a independência que muitos observadores acreditavam que o país dificilmente poderia sobreviver seis meses e que a meta da Índia de um subcontinente unificado permanecia uma possibilidade distinta.