O jogo desvia-se da jogabilidade tradicional da série Mario Kart, onde o objectivo é chegar à meta em primeiro lugar; este jogo utiliza um sistema baseado em pontos. Existem quatro opções de velocidade: 50cc (nomeadamente “sem pressa”), 100cc (“rápido”), 150cc (“muito rápido”) e 200cc (“muito rápido”). Ao contrário de parcelas anteriores da série, grande parte da condução (nomeadamente a aceleração, os saltos) é realizada automaticamente. O Mario Kart Tour inclui funcionalidades de jogos anteriores do Mario Kart, como corridas subaquáticas e asa delta do Mario Kart 7. Este jogo introduz um novo modo Frenzy, que ocorre quando um piloto recebe três itens idênticos de uma caixa de itens. Cada personagem pode obter um item único (também conhecido como “Habilidade Especial”) das caixas de itens.
Mario Kart Tour introduz um novo formato chamado “Tours”. Tours têm o nome de cidades do mundo real, personagens da série Mario, jogos da série Mario, ou outros temas (como culinária e feriados). Cada tour tem duração de duas semanas, começando na quarta-feira às 6 da manhã UTC. Em um tour, os jogadores podem competir em doze a dezoito copas e colecionar pilotos, karts e planadores que representam as cidades ou temas correspondentes. Há também pilotos, karts e planadores em destaque, enquanto uma excursão dura duas semanas. Cada taça é composta por três percursos e um desafio bónus. Os percursos das taças anteriores podem ser reutilizados para as taças seguintes. A maioria das corridas tem duas voltas, enquanto a maioria dos desafios de bônus são feitos em uma volta. As taças também recebem o nome de alguns dos pilotos do jogo em vez dos itens habituais na franquia Mario.
Após o jogador terminar uma corrida, o jogador recebe Grand Stars para desbloquear presentes, moedas e pontos de experiência para o personagem usado, kart e planador. Se o jogador terminar entre os três primeiros, ele ganhará alguns pontos de jogador pelo seu nível. Se o jogador terminar em 5º lugar ou abaixo, o nível de dificuldade irá diminuir. Quando o jogador preencher a bitola até o fim, ele irá subir de nível para obter uma recompensa. Cada curso também tem um limite de pontos de experiência. Atualmente, o nível máximo do jogador é 150.
Cada dia o jogador pode ganhar até 450 pontos de experiência para cada personagem, kart, e planador e 300 moedas da corrida (900 pontos de experiência e 600 moedas se o jogador for inscrito no Gold Pass). Uma vez atingidos esses limites, o jogador não pode obter mais pontos de experiência para as personagens, karts e planadores, ou recolher mais moedas das corridas diárias até às 6:00 UTC da manhã seguinte. Para continuar a ganhar mais pontos de experiência ou recolher moedas, o jogador pode jogar o Coin Rush para obter mais moedas ou utilizar bilhetes de “point boost” para as personagens, karts e planadores.
No desafio de bónus para cada taça, o jogador deve fazer o requisito para completar a taça. O personagem mostrado na imagem do desafio bónus é sempre seleccionado, mesmo que o jogador ainda não o tenha. Ao completar um desafio de bónus são atribuídas três Grandes Estrelas em vez de cinco. Alguns desafios também permitem ao jogador escolher qualquer personagem, kart, e planador.
Cada semana, a taça de um tour é um torneio. 20 jogadores são colocados num quadro de líderes com base na pontuação global da taça. Na quarta-feira seguinte, Lakitu anuncia o quão bem o jogador se saiu. O jogador irá aumentar no escalão, e ganhará algumas recompensas se a sua posição final estiver perto do topo, mas irá perder um ou dois escalões se terminar mal. O jogador também recebe uma recompensa se a pontuação do jogador e de seus amigos atingir uma certa quantia.
Este jogo inclui corridas contra adversários controlados por inteligência artificial com nomes de usuário projetados para fazer os jogadores pensarem que estão jogando contra outros jogadores humanos. Além disso, um teste beta para a função multiplayer deste jogo começou de “aproximadamente 23:00 PM PT em 18 de dezembro de 2019 às 21:59 PM PT em 26 de dezembro de 2019” e só estava disponível para assinantes do Gold Pass. De 22 de janeiro de 2020 a 28 de janeiro de 2020, houve um teste multiplayer para todos os jogadores do jogo.
Às 20h do dia 8 de março de 2020, a função multiplayer no Mario Kart Tour foi oficialmente lançada. Todos os jogadores “podem correr contra até sete outros jogadores, quer estejam registados como amigos no jogo, perto da sua localização, ou mesmo espalhados pelo mundo”. Entretanto, “as Corridas Gold Races estão disponíveis exclusivamente para os assinantes do Mario Kart Tour Gold Pass”. Uma das principais diferenças entre as Corridas Standard (para jogadores sem o Passe Ouro) e as Corridas Ouro é a selecção de velocidade: apenas 100cc estão disponíveis nas Corridas Standard enquanto que 150cc e 200cc estão disponíveis nas Corridas Ouro. Existe um ranking multiplayer (variando de F a A, S a S+6 se inscrito no Passe Ouro) para cada jogador. Uma percentagem para o ranking irá aumentar quando um jogador ganhar numa corrida multiplayer, mas irá diminuir ou permanecer inalterada durante uma perda.
O jogo originalmente só podia ser jogado no modo retrato, contudo a 21 de Julho de 2020, o jogo recebeu uma actualização que permitiu aos jogadores jogarem o jogo no modo paisagem também.