O massacre de Glen Coe
A revolução na Inglaterra tinha sido realizada quase sem derramamento de sangue, mas na Escócia e na Irlanda havia resistência armada. Isto caiu na Escócia em 1689, mas o país permaneceu perturbado e inseguro durante todo o reinado de Guilherme. Em 1692 Alexander MacDonald, de Glen Coe, e alguns de seus homens de clã foram assassinados a sangue frio por causa do atraso no juramento de fidelidade a William. William ordenou um inquérito, mas não tomou mais medidas até que em 1695 o Parlamento escocês exigiu uma investigação pública. Ele então demonstrou clemência culpável para com os infratores, simplesmente dispensando de seu secretariado Sir John Dalrymple, a quem foi finalmente atribuída a responsabilidade pelo massacre. Na Irlanda, a guerra eclodiu formalmente em 1689, quando James aterrou lá com o apoio francês. Mas a bem sucedida defesa de Londonderry e de Enniskillen, e a vitória de William na Batalha do Boyne em 1 de julho de 1690, garantiram a reconquista da Irlanda e o libertaram para voltar sua atenção para o continente europeu. Aqui, após uma série de ataques menores ao império, Luís XIV tinha invadido o Palatinado em 1688. Os holandeses e o imperador concluíram o Tratado de Viena (Maio de 1689) e declararam guerra a Luís; nos 18 meses seguintes, a rara habilidade diplomática de Guilherme trouxe para a aliança Brandenburgo, Hannover, Saxónia, Baviera, Sabóia e Espanha, bem como a Inglaterra, que se tornou o seu linchpin.
Desde 1691 Guilherme passou muito tempo a fazer campanha no continente com diferentes graus de sucesso, mas em 1696 uma série de factores tornou ambos os lados ansiosos pela paz, e os Tratados de Rijswijk foram assinados em 1697. A questão, vital para um equilíbrio de poder europeu, de quem iria suceder ao rei sem filhos Carlos II da Espanha, no entanto, permanecia inquieta, e Guilherme tinha bons motivos para temer que a paz não fosse mais do que uma trégua. O Parlamento Inglês, pelo contrário, estava convencido de que seria duradouro, insistiu em cortar o tamanho do exército, e resolutamente virou as costas para os assuntos externos. William, na esperança de evitar uma nova guerra, entrou em dois tratados de Partição Espanhola (1698-99) com Louis-measures que o envolveram em sérios atritos com o Parlamento. Mas quando o rei espanhol morreu a 1 de Novembro de 1700, Louis, ignorando os seus acordos, aceitou a coroa de Espanha para o seu neto e logo mostrou que não tinha desistido dos seus planos para o engrandecimento francês.
William, embora prejudicado pela apatia inglesa, propôs-se reconstruir a Grande Aliança e preparar os seus dois países para o agora inevitável conflito. Em setembro de 1701 o exilado James II morreu, e Luís XIV proclamou seu filho rei da Inglaterra, contrariando o seu acordo em um dos tratados de Rijswijk, e assim despertou nos ingleses o entusiasmo pela guerra. Guilherme não viveu para ver esta guerra declarada. Sua saúde vinha há muito declinando, e em março de 1702 ele morreu. Seus planos para um assentamento europeu foram em grande parte realizados pelo Tratado de Utrecht (1713). O seu ideal, que ele perseguira obstinadamente durante 30 anos, era uma ordem internacional na qual nenhum poder era capaz de tiranizar o resto.