Polícia começou a procurar Brian no Ugly Tuna, o bar onde ele tinha sido visto pela última vez. Como a área ao redor do Portão do Campus Sul estava um pouco prejudicada, com uma alta taxa de criminalidade, o bar tinha instalado câmeras de segurança. Eles reviram a filmagem, na qual Brain, Florence e Reed podiam ser vistos subindo uma escada rolante até a entrada da frente do bar à 1:15 da manhã. Brian foi visto do lado de fora do bar por volta da 1:55, quarenta minutos depois de entrar, falando brevemente com duas jovens e dizendo adeus. Ele desapareceu do visor da câmera e foi para as escadas que levavam ao bar, aparentemente para voltar para dentro. Mas a câmera não o gravou saindo pouco depois quando o bar fechou.
Investigadores perceberam que era possível que ele tivesse trocado de roupa no bar ou colocado um boné e, com a cabeça baixa, contornou a câmera e escondeu seu rosto. Os investigadores pensaram que ele poderia ter saído por outra porta do estabelecimento. No entanto, essa porta era apenas para uso de serviço, não usada pelo público, exceto em casos de emergência. A área onde a saída então levou a um local de construção que os oficiais pensavam ser difícil de atravessar em estado normal, para não dizer em estado de embriaguez após sair de uma noite de bebida.
Desde que Colombo tem as câmeras de segurança mais seguras de qualquer cidade em Ohio, mais do que Cleveland, Cincinnati e Toledo juntos, os oficiais verificaram imagens de outros bares para ver se essas câmeras poderiam explicar como Brian tinha saído do bar de bebidas. No entanto, imagens de câmeras em outros três bares próximos não mostraram vestígios de Brian.
A busca começou a se espalhar a partir do Atum Feio, com policiais, às vezes acompanhados por cães da polícia, olhando de perto para a rua, inspecionando caixotes de lixo e perguntando aos moradores se eles o tinham visto. Cartazes e páginas com a imagem de Brian foram exibidos pela cidade, citando como sinal de identidade uma tatuagem em seu braço superior direito do ícone do single Alive da banda Pearl Jam, da qual ele era fã. A polícia até persuadiu a cidade a deixá-los entrar no sistema de esgotos e fazer buscas lá. Nenhuma informação útil foi descoberta. No apartamento do Brian, na King Avenue, o veículo dele ainda estava estacionado lá fora. E dentro do apartamento, nada parecia errado.
Depois de procurar quilômetros de distância do bar em todas as direções, a polícia começou a considerar outras possibilidades além de um acidente ou jogo sujo. Como sua mãe havia morrido recentemente, especulou-se que ele havia ido embora temporariamente para lamentar em solidão. No entanto, o seu desaparecimento acabou por ser permanente. Não surgiram razões óbvias para o seu desaparecimento voluntário.
Aqueles que tinham visto Brian naquela noite, incluindo o seu pai, foram convidados a fazer testes de detecção de mentiras. Reed e Randy Shaffer passaram os deles, como todos os outros, enquanto Florence recusou. As duas mulheres com quem o Brian foi visto pela última vez a falar foram identificadas mais tarde. Eles testemunharam em 2009 que não lhes foi pedido para fazer o polígrafo.
Waggoner ligava para o telefone de Brian todas as noites antes de dormir, muito tempo depois do desaparecimento. Normalmente deixava mensagens no voicemail, mas uma noite de setembro tocou três vezes. “Eu continuei chamando-o para ouvi-lo simplesmente porque era um dos melhores sons que eu já tinha ouvido, mesmo que ninguém respondesse”, escreveu ele em sua página no MySpace. Cingular, o provedor sem fio do Brian, disse que o que Waggoner ouviu pode ter sido devido a uma falha no computador. Um ping do telefone foi detectado em uma torre de celular em Hilliard, 23 km noroeste de Columbus.
Polícia recebeu muitas dicas, nenhuma das quais resultou em grandes avanços no caso. Num concerto dos Pearl Jam no final desse ano, em Cincinnati, o cantor Eddie Vedder levou algum tempo entre as músicas para pedir dicas sobre o desaparecimento de Brian, mas nenhuma delas também foi útil. Possíveis avistamentos em Michigan, Texas e até mesmo na Suécia foram investigados.
Randy Shaffer continuou a busca de seu filho por conta própria. Uma vidente que ela consultou disse-lhe que o corpo de Brian estava na água, perto de um cais de ponte. Ele e o irmão de Brian, Derek, juntamente com outros cidadãos que se tinham interessado pelo caso, compraram limícolas e passaram grande parte do seu tempo livre ao longo das margens do rio Olentangy, que corre através de Colombo, adjacente ao campus da universidade, procurando em vão o corpo perto das pontes. Essa possibilidade também levou a polícia a considerar brevemente a muito discutida teoria do assassinato pelo assassino em série conhecido como Smiley Face. Brian Shaffer, de acordo com esta teoria, seria a única vítima do assassino cujo corpo ainda não tinha sido encontrado. A polícia de Columbus acabou rejeitando qualquer ligação com o suposto assassino no caso de Brian, seguindo a pista da maioria das agências policiais, incluindo o FBI, que o investigou.
Em setembro de 2008, durante uma forte tempestade de vento no centro de Ohio, Randy Shaffer, que estava no quintal de sua casa em Baltimore, foi morto por um galho que se partiu com a força do vento e o atingiu fatalmente. Os vizinhos encontraram seu corpo na manhã seguinte e chamaram a polícia.
Depois que seu obituário foi colocado online, uma seção de condolências foi publicada. Uma das assinaturas nela dizia “Ao pai, com amor, Brian”, originário das Ilhas Virgens Americanas. Isto sugere que Brian pode ter deixado Colombo para uma nova vida em outro lugar. No entanto, após mais investigações, descobriu-se que a nota tinha sido publicada a partir de um computador acessível ao público no Condado de Franklin e que era apenas uma brincadeira.