A epiderme de um embrião, jovem, ou meio adulto Crocodilia contém a rete Malpighii: uma única camada de células curtas e cilíndricas. Sobre o rete são células um pouco achatadas, em forma de disco, formadas pela divisão transversal das células rete subjacentes. No exterior encontra-se a camada epitrichial, um mosaico de células poligonais cada uma com um núcleo oval próximo do seu meio. Entre as células epiteliais encontram-se pequenos orifícios ovais, não muito diferentes dos estomas da epiderme dos tecidos vegetais. Bronn pensa que estes não são artefatos, mas ele não sugere nenhuma explicação para sua ocorrência.
No pequeno rete cilíndrico, as células Malpighii são células achatadas que gradualmente se tornam muito planas e perdem seus núcleos à medida que passam para a camada córnea. Nas células das camadas mais superficiais do stratum corneum encontram-se linhas rectas, escuras, talvez cristas causadas pela pressão das células poligonais superiores ou subjacentes. As células individuais da camada córnea são geralmente facilmente isoladas nas regiões da barriga e do pescoço, onde nunca se tornam muito espessas; mas na parte posterior as células desta camada são muito numerosas e fundem-se umas com as outras para formar as placas ósseas; aqui o rete é a única camada claramente diferenciada. Se as células espinhosas estão presentes na epiderme do crocodilo Bronn não é certo, embora ele pense que provavelmente estejam.
Rathke apontou que na superfície de certas dobras do tegumento, especialmente na região das mandíbulas, são encontradas em todos os Crocodilos certas elevações pequenas, dispersas, tipo verrugas, ao redor de cada uma das quais é habitualmente uma ranhura estreita, rasa e circular; normalmente têm uma cor marrom escuro, mas às vezes uma cor cinza ou mesmo branca. O exame microscópico mostra essas verrugas como sendo de origem epidérmica, consistindo de células brilhantes, redondas e estreitamente unidas, sem substância intercelular visível. O tratamento com hidróxido de potássio e depois com água mostrará por vezes, embora nem sempre, núcleos granulares finos nas células. Provavelmente em todos os membros do gênero Crocodilus, pelo menos é encontrado, na espessidão à direita e no lado esquerdo do pescoço e tronco, um pequeno poço plano que tem a aparência de abertura de uma glândula tegumentar. As fossas estão presentes também nas escamas da garganta, sob o lado do pescoço, lados do corpo, superfícies laterais e ventrais da metade anterior da cauda, e nas pernas. Estão próximas da borda traseira das escamas. Apenas ocasionalmente são encontrados dois buracos numa escala. Estes fossos são encontrados nos gaviais, mas estão ausentes em alguns, provavelmente todos, jacarés. Um pequeno botão projecta-se do centro de alguns dos fossos. Estas fossas não são aberturas de glândulas mas têm aproximadamente a mesma estrutura que as fossas vistas na cabeça.
Os ossos integumentares no Crocodilia originam-se no tecido conjuntivo da cutícula. Investigações em animais jovens mostram que estes ossos geralmente têm a sua origem nas camadas inferiores e médias da cutis e geralmente trabalham em direcção à periferia.